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2005年12月;26(16):1701-18.
doi:10.1002/jcc.20291。

GROMACS:快速、灵活、免费

附属公司

GROMACS:快速、灵活、免费

大卫·范·德·斯波尔等。 计算机化学杂志 2005年12月

摘要

本文描述了20世纪90年代初荷兰格罗宁根大学开发的软件套件GROMACS(用于化学模拟的格罗宁恩机器)。该软件由ANSI C编写,源于并行硬件项目,非常适合在处理器集群上进行并行化。通过仔细优化邻域搜索和内环性能,GROMACS是一个非常快速的分子动力学模拟程序。它没有自己的力场,但与GROMOS、OPLS、AMBER和ENCAD力场兼容。此外,它可以处理极化壳模型和柔性约束。该程序是通用的,因为用户可以添加力例程,可以指定表格函数,并且可以轻松定制分析。结合了非平衡动力学和自由能测定。提供了与流行的量子化学软件包(MOPAC、GAMES-UK、GAUSSIAN)的接口,以执行混合MM/QM模拟。该软件包包括大约100个实用程序和分析程序。GROMACS属于公共领域,并根据GNU通用公共许可证进行分发(包括源代码和文档)。它由格罗宁根大学、乌普萨拉大学和斯德哥尔摩大学的一组开发人员以及美因茨的马克斯·普朗克聚合物研究所维护。其网站是http://www.gromacs.org。

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