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.2005年5月6日;348(3):759-75.
doi:10.1016/j.jmb.2005.02.046。

识别和定义真Ras结合域II:基于同源建模和能量计算的硅预测

附属公司

识别和定义真Ras结合域II:基于同源建模和能量计算的硅预测

克里斯蒂娜·基尔等。 分子生物学杂志. .

摘要

考虑到大量假定的Ras效应蛋白,开发能够识别真正Ras结合分子的计算方法是非常必要的。基于泛素超家族Ras关联(RA)和Ras结合(RB)亚结构域家族成员之间的有限序列同源性,我们利用FOLD-X软件建立了具有不同RA和RB结构域的复合物中Ras蛋白的结构同源性模型。我们方法中的一个关键步骤是使用Ras复合物的不同模板,以解释RA和RB域之间的结构变化。通过预测界面中突变热点残基的影响以及对与不同Ras蛋白相互作用的特异性重要的残基,验证了同源性模型。FOLD-X计算的最佳模型络合物的能量与先前公布的实验数据和此处报告的新数据吻合良好。根据这些结果,我们可以建立高于或低于能量阈值的能量阈值,我们可以96%的置信度预测RA/RB域是否会与Ras交互。本研究表明了深入的结构分析、高质量的力场和建模对于正确预测的重要性。我们的工作为这个蛋白质家族和其他有足够结构信息的蛋白质家族的全基因组预测开辟了可能性。

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