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.2005年4月15日;21(8):1502-8.
doi:10.1093/bioinformatics/bti162。 Epub 2004年11月25日。

基因表达微阵列实验的样本量

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基因表达微阵列实验的样本量

陈安才等。 生物信息学. .

摘要

动机:微阵列实验通常涉及数百或数千个基因。在一个典型的实验中,预计只有一小部分基因会有差异表达;此外,不同基因之间的测量强度可能是相关的。根据实验目标的不同,样本量计算可以基于三种特定度量之一:灵敏度、真实发现率和准确率。样本量问题表示为:在给定的I型误差和(标准化)效应大小下,以期望的族幂达到指定度量的期望分数所需的数组数量。

结果:我们分别使用二项式和贝塔-二项式模型,提出了在独立和等相关模型下估计样本量的一般方法。计算了双样本z检验所需的样本量;计算的理论值与蒙特卡罗模拟结果吻合良好。但是,在更一般的相关结构下,贝塔-二项式模型可能会低估大约1-5个阵列所需的样本。

联系人:jchen@nctr.fda.gov。

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