Bayesian model accounting for within-class biological variability in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)

doi:10.1186/1471-2105-5-119

比较研究

.2004年8月31日5:519。

doi:10.1186/1471-2105-5-119。

基因表达序列分析中类内生物变异的贝叶斯模型

里卡多·Z·N·Véncio¹, 海伦娜·布伦塔尼, 迪奥戈F C帕托, 卡洛斯·A·B·佩雷拉

附属公司

PMID： 15339345
预防性维修识别码： PMC517707型
内政部： 10.1186/1471-2105-5-119

比较研究

基因表达序列分析中类内生物变异的贝叶斯模型

里卡多·Z·N·Véncio等。 BMC生物信息学. 2004.

.2004年8月31日:5:119。

doi:10.1186/1471-2105-5-119。

作者

里卡多·Z·N·Véncio¹, 海伦娜·布伦塔尼, 迪奥戈F C帕托, 卡洛斯·A·B·佩雷拉

附属

¹巴西圣保罗市圣保罗大学马提卡研究所统计部，邮编：1010，05508-090。rvencio@vision.ime.usp.br

PMID： 15339345
预防性维修识别码： PMC517707型
内政部： 10.1186/1471-2105-5-119

摘要

背景：转录计数方法（如基因表达序列分析（SAGE）、“数字北部”或大规模并行签名测序（MPSS））面临的一个重要挑战是进行统计分析，以解释类内变异，即：。，由于同一类别的采样个体之间固有的生物学差异而产生的变异性，而不仅仅是由于技术采样误差而产生的变异性。

结果：我们引入了一个贝叶斯模型，该模型通过混合分布来解释类内变异性。我们表明，以前可用的池中聚集方法（“伪线性”）和贝塔-二项式模型是混合模型的特例。我们通过使用公共数据库中的SAGE数据进行脑瘤与正常对照来说明我们的方法。我们展示了一些标签的例子，这些标签被视为差异表达，如果忽略了类内变异性，那么它们具有很高的显著性，但是如果考虑到它，那么它们显然没有那么显著。

结论：利用生物复制的可用信息，可以将显示差异表达的候选转录本列表转换为更可靠的转录本。我们的方法可以在GPL/GNU copyleft下，通过一个用户友好的基于web的在线工具或作为补充网站上的R语言脚本免费获得。

PubMed免责声明

数字

图1
**贝叶斯错误率图解**。此图显示了贝叶斯错误率的两个建议使用示例E类基于表达丰度的pdf定义差异表达基因π左边的例子显示了类的pdf的明显叠加，因此具有该图谱的基因不会提供类之间差异表达的证据。正确的例子显示两个pdf“相距甚远”，具有这种行为的基因应被安全地视为在两个类别之间差异表达。

图2
**最大值后部主要原型案例中类的Beta pdf**预测pdf和Bayes错误率E类图中显示了肿瘤（T）类和正常（N）类的标记，例如文本中描述的三个重要原型病例中包含的标记。“x”和“o”标记表示每个肿瘤和正常中观察到的丰度。框架a）显示了案例（i）中方法符合“无差异表达”结论的示例。框架b）显示了案例（ii）方法符合“微分表达式”结论的示例。框架c）和d）显示案例（iii）经典时的示例对-值方法导致类之间的差异表达显著，如果考虑到类内的可变性，我们的方法表示pdf叠加。个别观察表明，这些类别没有明确划分，这让人们对“差异表达”的结论产生了怀疑。

图3
**“小”尺寸库对最终结果的影响。**预测pdf和Bayes错误率E类显示了文本中描述的三个重要原型案例中包含的示例标记的肿瘤（T）类和正常（N）类。“x”和“o”标记代表每个肿瘤和正常库中观察到的丰度。框架a）显示了使用所有库的结果。突出显示“小型”库（大小<50000），并显示其相对于库大小的计数。帧b）显示了排除那些“小”库的结果。很明显，结果几乎相同，“小”库不一定是采样的异常值。

图4
**贝叶斯错误率和吨-测试近似值。**它显示了贝叶斯错误率(E类)与吨-测试近似值对-每个标签的值（Baggerly）[12]。红线是定义显著性区域E≤0.1和Baggerly≤0.01的任意截止线。绿线是LOWESS潮流搭配。

图5
**最大值图解*a后部*参数估计。**在一个人工示例中显示了方程12的最大后验参数。从中提取“帽子”（箭头所指）参数的二维pdf与等式8中描述的参数成正比。

图6
**我们的SAGEbetaBin方法的web界面快照。**为使我们的方法易于使用而实现的在线工具的示例如下所示。研究人员提交他们的数据（A），并在我们完成工作时通过电子邮件接收警报，以及在密码保护的网页（B）中获取结果的指示。如果提供的ID是人类标签（C），则结果与SAGE基因的标签到基因图相关联。本工作中使用的个别观测图形可按需提供（D）。

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