MAPPFinder: using Gene Ontology and GenMAPP to create a global gene-expression profile from microarray data

doi:10.1186/gb-2003-4-1-r7

.2003;4（1）：R7。

doi:10.1186/gb-2003-41-r7。 Epub 2003年1月6日。

MAPPFinder：使用基因本体和GenMAPP从微阵列数据创建全局基因表达谱

斯科特·多尼格¹, 内森·所罗门尼斯, 坎·德·达尔奎斯特, 卡伦·弗拉尼桑, 史蒂文·劳勒, 布鲁斯·康克林

附属公司

PMID： 12540299
预防性维修识别码：项目经理151291
内政部： 10.1186/gb-2003-41-r7

MAPPFinder：使用基因本体论和GenMAPP从微阵列数据中创建全局基因表达谱

斯科特·多尼格等。基因组生物学. 2003.

.2003;4（1）：R7。

doi:10.1186/gb-2003-41-r7。 Epub 2003年1月6日。

作者

斯科特·多尼格¹, 内森·所罗门尼斯, 坎·德·达尔奎斯特, 卡伦·弗拉尼桑, 史蒂文·劳勒, 布鲁斯·R·康克林

附属

¹美国加州大学旧金山分校格莱斯顿心血管疾病研究所94141-9100。

PMID： 12540299
预防性维修识别码：项目经理151291
内政部： 10.1186/gb-2003-41-r7

摘要

MAPPFinder是一个工具，它通过将基因本体（GO）项目的注释与自由软件包GenMAPP集成，在生物学的所有领域创建全球基因表达谱http://www.GenMAPP.org。结果显示在一个可搜索的浏览器中，允许用户快速识别GO术语中基因表达变化过多的数量。点击GO术语会生成GenMAPP图形文件，可以在其中探索基因关系、添加注释，并可以自由交换文件。

PubMed免责声明

数字

图1
MAPPFinder的工作原理。微阵列数据作为GenMAPP基因表达数据集导入MAPPFinder。MAPPFinder使用关系数据库和GO中的基因关联文件，将数据集中的数千个基因分配给数千个GO术语。MAPPFinder使用用户定义的显著基因表达变化标准，计算符合标准的基因百分比以及每个GO项的统计分数。使用MAPPFinder生成的排名列表和GO浏览器，用户可以快速识别有趣的GO术语，并对其进行高水平的基因表达更改。这些GO术语中涉及的特定基因可以使用GenMAPP在自动生成的MAPP上进行检测。

图2
MAPPFinder浏览器。**（a）**GO层次结构的分支源于生物过程术语“RNA加工”。这些术语用MAPPFinder结果着色，表示与成年小鼠相比，12.5天胚胎中的基因显著增加。基因发生0-5%变化的术语为黑色、5-15%紫色、15-25%深蓝色、25-35%浅蓝色、35-45%绿色、45-55%橙色和大于55%红色。术语RNA处理以黄色突出显示，表明它满足搜索或筛选要求。**（b）**MAPPFinder结果。术语RNA处理显示为标记有各种MAPPFinder结果。计算了符合标准的基因百分比和本实验测量的GO中的基因百分比。将单独计算此节点的结果，并将其与所有子节点（即嵌套结果）结合计算。这个*z（z）*分数表示符合标准的基因数量是否高于或低于预期。正值表示基因的改变比预期的要多；负分数意味着改变的基因比预期少，接近0的分数表示改变的数量接近GO项的预期值。

图3
将MAPPFinder链接到GenMAPP。**（a）**MAPPFinder浏览器显示了12.5天胚胎增加的GO过程术语“糖酵解”结果。GO术语的颜色编码与图2中的相同。**（b）**点击MAPPFinder浏览器中的GO术语“糖酵解”，生成相应的GenMAPP MAPP文件。此MAPP文件包含与此术语及其所有子项相关的基因列表。**（c）**使用GenMAPP中的工具重新排列GO列表中的基因，以描述代谢中间产物和细胞隔室的糖酵解途径。（b）和（c）基因的颜色编码如下：红色，折叠变化>1.2和第页12.5天胚胎小鼠与成年小鼠之间的差异<0.05。蓝色，折叠变化<-1.2和第页< 0.05. 灰色，不符合上述标准。白色，阵列上未找到基因。

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