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下一代测序和数据分析

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  • ©2021

概述

编辑：
  1. 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇

    1. 德国德根多夫理工学院应用信息学院

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  • 为没有计算机科学和信息学知识的学生编写
  • 为各种NGS应用程序提供逐步协议
  • 深入了解所用软件工具背后的统计数据
  • 详细解释如何分析和管理NGS数据集

系列丛书的一部分： 生物科学学习材料（LMB）

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目录（12章）

  1. 前部物质

    第i-xii页
    下载章节PDF格式

  2. 下一代测序（NGS）：什么可以测序？

    • Anja Bosserhoff、Melanie Kappelmann Fenzl
    第1-15页

  3. NGS在癌症研究中应用的机会和前景

    • 克里斯蒂安·莫里纳·阿吉拉尔（Christian Molina-Aguilar）、玛莎·埃斯特凡尼亚·瓦兹奎兹·克鲁斯（Martha Estefanía Vázquez-Cruz）、丽贝卡·奥尔维拉·莱昂（Rebeca Olvera-León）、卡拉·丹妮拉·罗伯斯·埃斯宾诺莎（Carla Daniela Robles-Espinoza）
    第17-38页

  4. NGS图书馆建设

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第39-45页

  5. NGS技术

    • Marius Eisele、Melanie Kappelmann Fenzl
    第47-58页

  6. 计算机设置

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第59-69页

  7. 命令行简介（Linux/Unix）

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第71-78页

  8. NGS数据

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第79-104页

  9. 参考基因组

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第105-109页

  10. 对齐

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第111-122页

  11. 基于NGS的遗传变异和新发突变的鉴定

    • Patricia Basurto-Lozada、Carolina Castañeda-Garcia、劳尔·奥斯西奥、卡拉·丹妮拉·罗伯斯·埃斯宾诺莎
    第123-142页

  12. RNA测序数据的设计与分析

    • 里查·巴蒂（Richa Bharti）、多米尼克·G·格林（Dominik G.Grimm）
    第143-175页

  13. 表观遗传学和ChIP测序数据的设计与分析

    • 梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇
    第177-192页

  14. 背景资料

    第193-218页
    下载章节PDF格式
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关键词

关于这本书

本教科书提供了RNA测序、ChIP-Sequencing和表观测序应用的分步协议和详细解释。

读者学习如何进行下一代测序数据分析，如何解释和可视化数据，并获得所用软件工具的统计背景知识。

为生物医学科学家和医学生编写的这本教科书使最终用户能够执行和理解各种下一代测序应用程序及其分析，而无需事先了解生物信息学或计算机科学。


编辑和附属机构

  • 德国德根多夫理工学院应用信息学院

    梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇

关于编辑器

梅兰妮·卡佩尔曼·芬奇是的教授应用生命科学德国德根多夫理工学院（DIT）。她在维也纳大学学习生物学，专攻人类遗传学和分子生物学，并于年获得博士学位分子病理学来自德国雷根斯堡大学。后来，她继续在德国埃朗根-纽伦堡大学生物化学研究所埃米尔·菲舍尔中心进行博士后研究，重点研究癌症发展、进展和转移中的转录调控。Kappelmann-Fenzl博士在该领域的高级期刊上发表了原创的同行评议出版物和评论。她注意到先进测序技术与应用在美国纽约冷泉港实验室，以及其他专注于生物信息学和大数据分析的课程。此外，她在NGS数据分析方面的专业知识通过R编程、R中的统计、高通量实验的统计干扰和建模、生命科学的数据分析她目前的工作重点是下一代测序实验和相关数据分析，例如RNA-Seq数据的差异表达和基因集富集分析，以及顺调控基因组区域的分析和ChIP-Seq数据的Motif发现，仅举几例。她出席了在许多不同国家（美国、德国、意大利等）举行的各种国际会议，在这里与专门从事这一主题的著名同事介绍和讨论研究成果。Kappelmann-Fenzl博士是国际黑色素瘤研究联盟，美国纽约，分子生物学和生物化学学会（GBM）和生物信息学学生委员会（FaBi），德国。在德根多夫理工学院（DIT），她开发并建立了硕士研究生课程生命科学信息学关注NGS数据分析(https://www.th-deg.de/lsi-m-en). 本课程旨在使具有相应学士学位的自然科学家和计算机科学家能够专业分析和解释NGS在所有（生物医学）研究领域或分子诊断学中生成的数据。


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