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forestgeo/fgeo.tool

导入和操作ForestGEO数据

生命周期 覆盖率状态 CRAN状态 R-CMD-检查 Codecov测试覆盖率 R-CMD检查

fgeo.工具帮助您导入和操作ForestGEO公司数据。

安装

安装最新稳定版本的fgeo.工具CRAN提供:

安装.包("fgeo.工具")

安装的开发版本fgeo.工具来自GitHub,具有:

#install.packages(“devtools”)
开发工具::安装github("forestgeo/fgeo.tool")

或者全部安装fgeo公司一个包裹.

例子

图书馆(fgeo.工具)#>
#>附加包:“fgeo.tool”
#>以下对象已从“package:stats”中屏蔽:
#>
#>过滤器
#帮助访问示例数据图书馆(费吉奥。x个)

示例路径()允许您访问存储在R中的数据集图书馆。

示例路径()#>[1]“csv”“mixed_files”“rdata”“rdada_one”
#>[5]“rds”“taxa.csv”“tsv”“vft_4quad.csv”
#>[9]“查看”“奇怪”“xl”(vft_文件 <-示例路径("查看/vft_4quad.csv"))#>[1]“/usr/local/lib/R/site-library/fgeo.x/extdata/view/vft_4quad.csv”

读取vft()read_taxa()导入ViewFullTable和ViewTaxonomy从.tsv或.csv文件。

读取vft(vft_文件)#>#A桥:500×32
#>DBHID PlotName PlotID Family Genus Speci…¹Mnemo…²Subsp…³Speci…子进程…
#><int><chr><int>
#>1 385164卢基略1茜草…Psyc…brach…PSYBRA<NA>185<NA>
#>2 385261卢基略1荨麻疹…塞克…施勒布…CECSCH<NA>74<NA>
#>3 384600 luquillo 1 Rubiace…Psyc…brach…PSYBRA<NA>185<NA>
#>4 608789卢基略1茜草…Psyc…berter…PSYBER<NA>184<NA>
#>5 388579 luquillo 1 Arecace…Pres.…acumin…PREMON<NA>182<NA>
#>6 384626 luquillo 1 Araliac…Sche…moroto…SCHMOR<NA>196<NA>
#>7 410958 luquillo 1 Rubiace…Psyc…brach…PSYBRA<NA>185<NA>
#>8 385102 luquillo 1 Piperac…无毛胡椒…PIPGLA<NA>174<NA>
#>9 353163 luquillo 1 Arecace…Pres.…acumin…PREMON<NA>182<NA>
#>10 481018 luquillo 1 Salicac…Case…arborea CASARB<NA>70<NA>
#>#…还有490行,22个变量:QuadratName<chr>,QuadratID<int>,
#>#PX<dbl>、PY<dbl]、QX<dbl、QY<dbl>、TreeID<int>、标记<chr>,
#>#StemID<int>、StemNumber<int>,StemTag<int>和PrimaryStem<chr>,
#>#CensusID<int>,PlotCensusNumber<int>,
#>#ExactDate<date>,date<int>,ListOfTSM<chr>,HighHOM<int>,
#>#LargeStem<chr>、Status<chr]和缩写变量名¹物种名称,
#> #   ²助记符,³亚种,⁴​物种ID,⁵​子种类ID
#> # 使用`print(n=…)`查看更多行,使用`colnames()`查看所有变量名

pick_dbh_under()下降状态()和朋友从中选择和删除行ForestGEO ViewFullTable或人口普查表。

树5 <- 费吉奥。x个::树5

树5%>% pick_dbh_under(拾取制动灯)(100)#>#A桥:18×19
#>treeID stemID tag StemTag sp quadra gx gy Measu…¹Censu…²dbh
#><int><int><chr><chr><chr><chr><dbl><dbl><int><int><dbl>
#>1 7624 160987 108958 175325 TRIPAL 722 139。425.   486675       5  10.9
#>2 19930 117849 123493 165576卡萨布425 61.3 496。471979       5  23.6
#>3 31702 39793 22889 22889慢速304 53.8 73.8 447307 5 67
#>4 35355 44026 27538 27538慢速1106 203。一百一十点四四九一六九五五零
#>5 39705 48888 33371 33370 CASSYL 1010 184号。一百九十四点四五一零六七五六七
#>6 57380 155867 66962 171649慢速1414 274。279.   459427       5  16.6
#>7 95656 129113 131519 131519 OCOLEU 402 79.7 22.8 474157 5 23.6号
#>8 96051 129565 132348 132348希鲁格1403 278 40.6 474523 5 12.9
#>9 96963 130553 134707 134707特伯尔610 114。182.   475236       5  18.6
#>10 115310 150789 165286 165286曼比德225 24.0 497。483175       5  14.6
#>11 121424 158579 170701 170701 CASSYL 811 146。218.   484785       5  20.2
#>12 121689 158871 171277 171277 INGLAU 515 84.2 285。485077       5  13.4
#>13 121953 159139 171809 171809 PSYBRA 1318 247。三百五十四点四八五三四五五一四
#>14 124522 162698 174224 174224 CASSYL 1411 279。210.   488386       5  13.1
#>15 125038 163236 175335 175335 CASSYL 822 153。426.   488924       5  14.5
#>16 126087 NA 177394<NA>CASARB 521 89.8 408。不适用不适用
#>17 126803 NA 178513<NA>PSYBER 622 113。426不适用不适用
#>18 126934 NA 178763<NA>MICRAC 324 47 480。不适用不适用
#>#…还有8个变量:pom<chr>、hom<dbl>、ExactDate<date>、,
#>#DFstatus<chr>、code<chr>、nostems<dbl>、status<chr>、date<dbl>和
#>#缩写变量名¹测量ID,²普查ID
#> # 使用`colnames()`查看所有变量名

pick_main_stem()pick_main_stemid()选择主茎或主茎每次人口普查中每棵树的茎。

 <-下载_数据("luquillo_stem6_随机")暗淡()#> [1] 1320   19尺寸(pick_main_stem())#>警告:从dplyr 1.0.0开始,不推荐使用`group_by()`的`add`参数。
#>请改用`.add`参数。
#>此警告每8小时显示一次。
#>调用“lifecycle::last_lifecycle_warnings()”查看此警告的生成位置。
#> [1] 1000   19

添加状态树()根据的状态添加列statustree每棵树的所有茎。

%>% 选择(普查ID树ID阀杆ID地位) %>% 添加状态树()#>#A tibble:1320×5
#>CensusID树ID茎ID状态树
#><int><int><int><chr><chr
#>1 6 104 143安
#>2 6 119 158安
#>3北美180 222北美
#>4纳180 223克A
#>5 6 180 224加纳
#>6 6 180 225安
#>76 602 736安
#>86 631 775安
#>9 6 647 793年
#>10 6 1086 1339安
#>#…还有1310行
#> # 使用“打印(n=…)”查看更多行

添加索引(_index)和好友向类似ForestGEO的数据帧中添加列。

%>% 选择(盖克斯) %>% 添加索引(_index)#>猜测:plotdim=c(320500)
#>*如果猜测错误,请提供正确的参数`plotdim`
#>#A桥:1320×3
#>gx-gy指数
#><dbl><dbl>
#>  1  10.3  245.    13
#>  2 183.   四百一十点二四六
#>  3 165.   四百一十点二二一
#>  4 165.   四百一十点二二一
#>  5 165.   四百一十点二二一
#>  6 165.   四百一十点二二一
#>  7 149.   四百一十四点一九六
#>8 38.3 245。38
#>  9 143.   四百一十一点一九六
#> 10  68.9  253.    88
#>#…还有1310行
#> # 使用“print(n=…)”查看更多行

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