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Aura医疗保健/hrv分析

心率变异性分析

PyPI版本 生成状态 编解码器 许可证:GPL v3 下载

hr分析是一个基于SciPy、AstroPy、Nolds和NumPy构建的用于RR间隔心率变异性分析的Python模块,在GPLv3许可下发布。

该图书馆于2018年7月开始开发,作为Aura Healthcare公司项目,在OCTO技术研发团队,由Robin Champseix维护。

替换文本

完整文档:https://aura-healthcare.github.io/hrv分析

网站:https://www.aura.healthcare网站

github:https://github.com/Aura-healthcare网站

版本: 1.0.4

安装/前提条件

用户安装

安装hrv分析的最简单方法是使用pip(点阵):

$pip安装hrv分析

您还可以克隆存储库:

$git克隆https://github.com/Aura-healthcare/hrv-analysis.git$python setup.py安装

依赖关系

hr分析需要以下内容:

  • Python(>=3.5)
  • 天体测量>=3.0.4
  • 未来>=0.16.0
  • nolds>=0.4.1
  • 数值>=1.15.1
  • scipy>=1.1.0

注意:该包可以与3.5到最新版本(当前为Python 3.9)的所有Python版本一起使用。

入门

异常和异位节拍过滤方法

该软件包提供了从信号中删除异常值和异位搏动的方法,以供进一步分析。这些方法对于从RR-intervals中获取Normal to Normal Interval(NN-Interval)非常有用。请谨慎使用此方法,因为它们可能会对特征计算产生巨大影响。

 hr分析 进口 删除外部(_O),删除ectopic_beats,插值nan值

#rr_intervals_list包含rr-interval的整数值
rr_间隔_列表 =[1000,1050,1020,1080, ...,1100,1110,1060]#这将从信号中删除异常值
rr间隔无外部 = 删除外部(_O)(rr_间隔=rr_间隔_列表,低_ rri=300,高(_rri)=2000)#这将使用线性插值替换异常值nan值
插值的rr_intervals = 插值nan值(rr_间隔=rr_间隔_无输出,插值方法=“线性”)#这样可以消除信号中的异位搏动
nn_间隔_列表 = 删除ectopic_beats(rr_间隔=插值的rr_intervals,方法=“马利克”)#用线性插值替换异位搏动nan值
插值_nn间隔 = 插值nan值(rr_间隔=nn_间隔_列表)

您可以在中找到如何使用以下方法、参考和更多详细信息文档:

  • 删除外部(_O)
  • 删除ectopic_beats

特征计算

从NN间隔中可以获得4种类型的功能:

时域特征:Mean_NNI、SDNN、SDSD、NN50、pNN50、NN20、pNN20、RMSSD、Median_NN、Range_NN、CVSD、CV_NNI,Mean_HR、Max_HR,Min_HR和STD_HR

几何域特征:三角_指数,TINN

频域特征:LF、HF、VLF、LH/HF比值、LFnu、HFnu、总功率

非线性域特征:CSI、CVI、Modified_CSI、SD1、SD2、SD1/SD2比率、SampEn

例如,您可以通过计算获得时域分析:

 hr分析 进口 获取时间域功能

 #nn_intervals_list包含nn-interval的整数值
nn_间隔_列表 =[1000,1050,1020,1080, ...,1100,1110,1060]时间域功能 = 获取时间域功能(nn_间隔_列表)>>> 时间域功能{“mean_nni”:718.248,“sdnn”:43.113,“sdsd”:19.519,“nni_50”:24,“pnni_50”:2.4,“nni_20”:225,“pnni_20”:22.5,“rmssd”:19.519,'median_nni':722.5,'范围_nni':249,“cvsd”:0.0272,“cvnni”:0.060,'平均小时':83.847,'最大小时':101.694,'最小小时':71.513,'标准小时':5.196}

您可以找到如何使用以下方法、参考和有关中每个功能的详细信息文档:

  • 获取时间域功能
  • 获取几何特征
  • 获取频率域功能
  • 获取csi_cvi_功能
  • 获取poincare_plot_features
  • 获取采样

绘图功能

有几个绘图功能可供您查看,例如,频域特征的功率谱密度(PSD)或非线性域特征的庞加莱图:

 hr分析 进口 绘图.psd

#nn_intervals_list包含nn-interval的整数值
nn_间隔_列表 =[1000,1050,1020,1080, ...,1100,1110,1060]绘图.psd(nn_间隔_列表,方法=“韦尔奇”)绘图.psd(nn_间隔_列表,方法=“lomb”)

替换文本

 hr分析 进口 plot_poincare(点绘)

#nn_intervals_list包含nn-interval的整数值
nn_间隔_列表 =[1000,1050,1020,1080, ...,1100,1110,1060]plot_poincare(点绘)(nn_间隔_列表)plot_poincare(点绘)(nn_间隔_列表,plot_sd_功能=真的)

替换文本

您可以在中找到如何使用方法和详细信息文档:

  • 绘图_分布
  • plot_timeseries(打印时间序列)
  • 绘图.psd
  • plot_poincare(点绘)

以下是该软件包不同构建块的高级视图:

替换文本

工具书类

以下是用于计算特征集和信号处理方法的主要参考:

心率变异性-测量标准、生理学解释和临床应用,欧洲心脏病学会和北美起搏和电生理学会特别工作组,1996年

心率变异性的信号处理方法-Gari D.Clifford,2002

使用近似熵和样本熵进行生理时间序列分析,Joshua S.Richman,J.Randall Moorman-2000

使用Lorenz图和心率变异性心脏交感指数检测癫痫患者的癫痫发作,Jesper Jeppesen等人,2014年

作者

罗宾·尚普西- (https://github.com/robinchampseix网站)

许可证

该项目根据GNU通用公共许可证-请参阅许可.md文件以获取详细信息

如何做出贡献

请参阅如何贡献

致谢

我在此感谢劳伦特·里比埃(Laurent Ribière)和克莱门特·勒·库迪奇(Clément Le Couedic),他们给了我时间来开源这个库。我也感谢Fabien Arcellier对如何在PyPi建立图书馆的建议。

关于

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