环磷酸二酯酶和2′-5′RNA连接酶是蛋白质超家族的成员，尽管它们的同源性可能很低，但它们在结构上具有相似性。推测的2′-5′RNA连接酶来自霍里克希热球菌已结晶，其X射线晶体结构测定为2.4 Å. 正交空间群中结晶的蛋白质P（P）212121，带有单位-细胞参数一=44.07，b条= 45.47,c（c） = 93.17 不对称单元中的一个蛋白单体。分子重新放置探针是来自嗜热菌它共享30%的序列标识。这个日本滨对虾RNA连接酶具有一些结构特征，与来自拟南芥与之没有明显的同源性，但对静电表面电位的检查清楚地定义了它与嗜热杆菌RNA连接酶。然而，活性部位裂口的大小小于嗜热杆菌同系物，表明实际底物可能小于先前为后者假设的底物。
