利用现有经验力场模拟生物系统由于缺乏准确性而存在不足,尤其是在描述非键合项方面。我们之前已经引入了一种基于密度拟合的力场,称为高斯静电模型-0(GEM-0)J.-P.P Piquemal等。[化学杂志。物理学。124104101(2006)]这改进了对非绑定交互的描述。GEM-0依赖于密度拟合方法,通过扩展分子的电子密度来重现受限空间轨道变化(CSOV)能量分解方案的每个贡献-以特定位置为中心的高斯函数类型。在本文中,我们将力场的库仑和交换分量推广到任意角动量的辅助基组。由于角动量较大的基函数具有方向性,因此采用参考分子框架(局部框架)形式来旋转拟合的膨胀系数。在所有情况下,分子间相互作用能都是使用McMurchie-Davidson通过Hermite Gaussian函数计算的[J.计算。物理学。26218(1978)]递归计算所有需要的积分。此外,厄米-高斯函数的使用允许在每个扩展站点进行点多极分解确定。此外,通过基于空间的互易形式研究了计算速度问题,包括粒子网格Ewald(PME)和快速傅立叶-泊松(FFP)方法。给出了水二聚体势能表面上十个固定点的分子间冷冻核(库仑和交换排斥)相互作用结果,以及标准水二聚物、甲酰胺、堆叠苯和苯-水二聚物体的一维表面扫描。所有结果表明,与相应的CSOV计算的参考贡献合理一致,约为0.1和0.15千卡摩尔库仑误差和交换误差。单个库仑能量力计算的计时结果(H(H)2O(运行))n个n个=64在PME和FFP处于两个不同均方根力容限的周期边界条件下,也给出了128、256、512和1024。对于小型和中型辅助设备,PME在两个精度上都比FFP快,PME的优势在更高的精度上扩大,而对于最大的辅助设备,则相反。

1
D.A.博士。
案例
吨当量。
切萨姆
T.A.公司。
达顿
H。
高尔克
对。
K.M.公司。
默兹
,小。
答:。
奥努菲列夫
C、。
Simmerling公司
B。
、和
R·J。
伍兹
J.计算。化学。
26
1668
(
2005
).
2
W.L.公司。
约根森
J。
蒂拉多·里夫斯
J.计算。化学。
26
1669
(
2005
).
三。
D。
范德斯波尔
E.公司。
林达尔
B。
赫斯
G.公司。
格伦霍夫
答:E。
作记号
、和
H.J.C.公司。
贝伦森
J.计算。化学。
26
1701
(
2005
).
4
M。
克里斯滕
P.H.公司。
胡恩伯格
D。
巴科维兹
等人,
J.计算。化学。
26
1719
(
2005
).
5
公元。
麦克雷尔
,Jr.(小)。
B。
布鲁克斯
C.L.公司。
布鲁克斯
注意:。
鲁克斯
年。
赢了
、和
M。
卡普拉斯
计算化学百科全书
(
威利
纽约州纽约市
1998
).
6
A.R.公司。
浸出
分子建模:原理与应用
第2版。(
Prentice-Hall公司
英国哈洛
2001
).
7
A.J.公司。
石头
分子间作用力理论
(
牛津大学出版社
英国牛津
2000
).
8
A.J.公司。
石头
化学。物理学。莱特。
83
233
(
1981
).
9
F。
维戈-梅德
第页。
克拉弗里
化学杂志。物理学。
88
4934
(
1988
).
10
G.公司。
纳雷·萨博
G.G.公司。
费伦奇
化学。Rev.(华盛顿特区)
95
829
(
1995
).
11
N。
格雷什
第页。
克拉弗里
、和
答:。
普尔曼
国际量子化学杂志。
22
253
(
1979
).
12
N。
格雷什
J.计算。化学。
16
856
(
1995
).
13
第页。
J·W。
思考
《物理学杂志》。化学。B类
107
5933
(
2003
).
14
上午。
弗雷塔格
医学硕士。
戈登
J.H。
延森
、和
W·J。
史蒂文斯
化学杂志。物理学。
112
7300
(
2000
).
15
J.-P.公司。
皮克马尔
N。
格雷什
、和
C、。
Giessner-Prettre公司
《物理学杂志》。化学。一个
107
10353
(
2003
).
16
N。
灰色
J.-P.公司。
皮克马尔
、和
M。
克劳斯
J.计算。化学。
26
1113
(
2005
).
17
答:。
加维佐蒂
《物理学杂志》。化学。B类
106
4145
(
2002
).
18
总会计师。
西斯内罗斯
J.-P.公司。
皮克马尔
、和
T.A.公司。
达顿
化学杂志。物理学。
123
044109
(
2005
).
19
标准F。
男孩
一、。
沙维特
三氢原子系统能面的基本计算
(
NTIS公司
弗吉尼亚州斯普林菲尔德
1959
),公元212985年。
20
B.I.公司。
邓拉普
J·W·D。
康诺利
、和
J.R.公司。
萨宾
化学杂志。物理学。
71
4993
(
1979
).
21
上午。
Köster公司
第页。
卡拉米尼奇
Z.公司。
戈麦斯
、和
美国。
Reveles公司
现代量子化学评论:庆祝罗伯特·帕尔的贡献
(
世界科学
新加坡
2002
).
22
J.-P.公司。
皮克马尔
总会计师。
西斯内罗斯
第页。
莱因哈特
N。
格雷什
、和
T.A.公司。
达顿
化学杂志。物理学。
124
104101
(
2006
).
23
附言。
巴古斯
英国。
赫尔曼
、和
C.W.公司。
Bauschlicher公司
,Jr.(小)。
化学杂志。物理学。
80
4378
(
1984
).
24
J.-P.公司。
皮克马尔
答:。
马尔克斯
O。
帕里塞尔
、和
C、。
Giessner-Prettre公司
J.计算。化学。
26
1052
(
2005
).
25
R·J。
惠特利
S.L.公司。
价格
摩尔物理学。
69
507
(
1990
).
26
C、。
多梅内
P.W.公司。
福勒
M。
威尔逊
第页。
麦登
、和
R·J。
惠特利
化学。物理学。莱特。
333
403
(
2001
).
27
通用标准。
Tschumper公司
M.L.公司。
莱宁格尔
公元前。
霍夫曼
E.F.公司。
瓦列夫
高频。
夏弗
、和
M。
江湖郎中
化学杂志。物理学。
116
690
(
2002
).
28
J·G·C·M。
van Duijneveldt–van de Rijdt
W.T.M.公司。
莫伊
、和
F.B.公司。
Duijneveldt公司
物理学。化学。化学。物理学。
5
1169
(
2003
).
29
W.H.公司。
按下
美国。
特科尔斯基
W.T.公司。
维特林
、和
B.第页。
弗兰纳里
Fortran77中的数字配方:科学计算的艺术
第2版。(
剑桥大学出版社
纽约州纽约市
1992
).
30
年。
荣格(Jung)
答:。
索特
下午。
、和
M。
戈登头
程序。国家。阿卡德。科学。美国。
102
6692
(
2005
).
31
T。
赫尔盖克
P.J.公司。
约根森
、和
J。
奥尔森
分子电子结构理论
(
威利
英国奇切斯特
2000
).
32
上午。
科斯特
化学杂志。物理学。
118
9943
(
2003
).
33
路易斯安那州。
麦克默奇
埃及共和国。
戴维森
J.计算。物理学。
26
218
(
1978
).
34
M。
塔奇卡瓦
M。
志贺
物理学。版本E
64
056707
(
2001
).
35
S.B.公司。
诡计
J.A。
阿尔弗
、和
J.C.公司。
博伊特格
计算材料科学
(
爱思唯尔公司。
阿姆斯特丹
2004
).
36
C、。
萨吉
L.G.公司。
佩德森
、和
T.A.公司。
达顿
化学杂志。物理学。
120
73
(
2004
).
37
英国。
埃希科恩
O。
特罗伊特勒
H。
厄姆
M。
哈泽
、和
对。
Ahlrichs公司
化学。物理学。莱特。
240
283
(
1995
).
38
上午。
科斯特
化学杂志。物理学。
104
4114
(
1996
).
39
对。
波德斯瓦
对。
布可夫斯基
、和
英国。
沙莱维奇
化学杂志。理论计算。
2
400
(
2006
).
40
A.J.公司。
Misquita公司
A.J.公司。
石头
化学杂志。物理学。
124
024111
(
2006
).
41
G.公司。
阿夫肯
H。
韦伯
物理学家的数学方法
(
学术
加利福尼亚州圣地亚哥
1996
).
42
答:。
图克马吉
C、。
萨吉
J。
董事会
、和
T.A.公司。
达顿
化学杂志。物理学。
113
10913
(
2000
).
43
J·G·。
安吉安
C、。
希波
F。
德埃
C、。
哈提格
G.公司。
詹森
、和
C、。
米洛特
OPEP公司,用于优化电性能划分的工具,1.0版-β法国亨利·庞加莱大学CNRS/UHP 7565号,法国巴黎皇家科学院(UnitéMixte de Recherche CNRS/U HP No.7565),Equipe de Chimie and Biochimie Théoretiques,
2005
.
44
M。
查拉科姆
E.公司。
施瓦格勒
、和
J。
阿尔姆洛夫
计算化学:当前趋势回顾
(
世界科学
新加坡
1996
).
45
总会计师。
西斯内罗斯
J.-P.公司。
皮克马尔
、和
T.A.公司。
达顿
《物理学杂志》。化学。B类
110
13682
(
2006
).
46
A.J.公司。
石头
化学杂志。理论计算。
1
1128
(
2005
).
47
公共有限责任公司。
波佩利尔
L。
朱伯特
、和
D.S.公司。
科索夫
《物理学杂志》。化学。一个
105
8524
(
2001
).
48
答:。
沃尔科夫
第页。
铜笔
J.计算。化学。
25
921
(
2004
).
49
E.公司。
克莱门蒂
大型化学系统的计算方面
(
施普林格
纽约州纽约市
1980
).
50
M。
杜普伊斯
答:。
马尔克斯
、和
埃及共和国。
戴维森
本田95.3,印第安纳大学量子化学项目交换(QCPE),印第安纳州布卢明顿,
1995
.
51
L。
Fusti-Molnar公司
第页。
普利
化学杂志。物理学。
117
7827
(
2002
).
52
D。
利珀特
J。
赫特
、和
M。
帕里内洛
西奥。化学。会计。
103
124
(
1999
).
53
M。
克拉克
M。
帕里内洛
物理学。化学。化学。物理学。
2
2105
(
2000
).
54
C、。
科恩·塔努吉
B。
迪乌
、和
F。
拉洛伊
量子力学
(
Wiley Interscience公司
纽约州纽约市
1977
).
55
对。
阿利希斯
物理学。化学。化学。物理学。
8
3072
(
2006
).
56
美国。
埃斯曼
L。
佩雷拉
M。
伯克维茨
T.A.公司。
达顿
H。
、和
L.G.公司。
佩德森
化学杂志。物理学。
103
8577
(
1995
).
57
D。
约克
W。
化学杂志。物理学。
101
3298
(
1994
).
58
Y.B.公司。
掸邦
J·L·。
克莱皮斯
M.P.公司。
伊斯特伍德
注册办公室。
德罗尔
、和
D.E.博士。
化学杂志。物理学。
122
054101
(
2005
).
59
埃及共和国。
史密斯
《统计物理学杂志》。
77
449
(
1994
).
60
C、。
萨吉
T.A.公司。
达顿
化学杂志。物理学。
114
6578
(
2001
).
61
钢筋混凝土。
阿莫斯
国际法。
阿尔伯茨
J.S.公司。
安德鲁斯
,等,CADPAC公司,剑桥分析衍生工具包,第6期,英国剑桥大学,
1995
.
62
公元。
贝克
化学杂志。物理学。
98
5648
(
1993
).
63
C、。
W。
、和
R.G.公司。
帕尔
物理学。版本B
37
785
(
1988
).
64
J。
安泽尔姆
E.公司。
威默
化学杂志。物理学。
96
1280
(
1992
).
65
N。
哥布特
J。
安泽尔姆
DGAUSS公司版本2.0、2.1、2.3和4.0,包含A1和P1辅助基集的文件可以从CCL WWW网站获取,网址为http://www.ccl.net/cca/data/basis-sets/DGauss/index.shtml,计算化学列表有限公司,俄亥俄州哥伦布市,
1998
.
66
医学博士。
弗里希
总重量。
卡车
H.B.公司。
施莱格尔
等,高斯03,Gaussian,Inc.,宾夕法尼亚州匹兹堡,
2003
.
67
D.E.博士。
贝霍尔德
R·J。
哈里森
化学杂志。物理学。
109
1593
(
1998
).
68
W。
约根森
J。
钱德拉塞卡
J。
马杜拉
对。
Impey公司
、和
M。
克莱因
化学杂志。物理学。
79
926
(
1983
).
69
J。
思考
TINKER公司,分子设计软件工具,3.6版,最新版本TINKER公司该程序可从J.Ponder的WWW网站获得,网址为http://dasher.wustl.edu/tinker密苏里州圣路易斯华盛顿大学,
1998
.
70
医学博士。
弗里希
G.W.公司。
卡车
H.B.公司。
施莱格尔
等人,高斯98,修订版A.8,Gaussian,Inc.,宾夕法尼亚州匹兹堡,
1998
.
71
对。
Ercolessi公司
J.B.公司。
亚当斯
欧罗普提斯。莱特。
26
583
(
1994
).
72
答:。
拉约
秒。
伯纳德
C.L.公司。
基亚罗蒂
秒。
斯坎多洛
、和
E.公司。
托萨蒂
科学类
287
1027
(
2000
).
73

此外,值得注意的是,我们依赖于漫反射函数的指数小于α0确保等式和一致收敛。(29)也就是说,如果1αd日>1α0这些和一致收敛。

74
参见EPAPS文件编号。电子JCPSA6-125-309641对于本研究中测试的所有分子的最佳拟合参数;单个水二聚体的分子间库仑和交换排斥结果;K(K)所有碎片的交换排斥参数;密度比较立方体的刻度;CSOV和三个ABS的库仑力和重叠力。可以通过在线文章HTML参考部分的直接链接或EPAPS主页访问此文档(http://www.aip.org/pubservs/epaps.html).

补充材料

您当前无权访问此内容。