数据包：用于传输和操作数据及相关资源的灵活容器

• 作者：Matthew B.Jones、Peter Slaughter和S.Jeanette Clark(加拿大国家科学院)
• doi:10.5063/F1QV3JGM
• 许可证:阿帕奇2
• Github上的包源代码
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这个数据包R包提供了一个抽象，用于将数据对象和元数据的异构集合整理成一个包，该包可以传输并加载到单个复合文件中。此包中的方法提供了一种方便的方法，可以将数据从通用存储库（如DataONE）加载到R环境中，并将R中的数据记录、序列化和保存到全球数据存储库中。

请注意，此包（“datapack”）与名称类似的rOpenSci包“DataPackageR”无关。DataPackageR github存储库中的文档说明“DataPackage R用于将原始数据重新处理为打包的分析就绪数据集。”

安装注意事项

这个数据包R包需要R包红土地。如果要在Ubuntu上安装，则必须在安装红土地和数据包可以安装软件包。如果要在Mac OS X或Windows上安装，则不需要安装这些库。

以下说明说明了如何安装数据包及其要求。

在Mac OS X上安装

在Mac OS X上，可以使用以下命令安装数据包：

安装.包(“数据包”)
图书馆(数据包)

这个数据包此时，R包应可用。

注意：如果您希望构建所需的红土地安装之前从源代码打包数据包，请看红地安装说明.

在Ubuntu上安装

对于Ubuntu，通过在终端窗口中输入以下命令来安装所需的Redland C库：

更新源sudo apt-get安装librdf0 librdf0-dev

然后从R控制台安装R软件包：

安装.包(“数据包”)
图书馆(数据包)

这个数据包此时，R包应可用

在Windows上安装

对于windows，所需的redland R包是以二进制版本分发的，因此不需要安装任何其他系统库。

要从R控制台安装R软件包：

安装.包(“数据包”)
图书馆(数据包)

快速入门

有关文档，请参阅完整手册，但安装后，可以使用以下方法在R中运行软件包：

图书馆(数据包)
帮助(“数据包”)

创建数据包并向其中添加元数据和数据DataObjects：

图书馆(数据包)
图书馆(乌伊德)
dp（差分） <- 新的(“数据包”)
md文件 <- system.file（系统文件）(“extdata/sample-eml.xml”，程序包=“数据包”)
mdId（mdId） <- 粘贴(“urn:uuid:”,UUID生成()，9月="")
医学博士 <- 新的(“数据对象”，id=mdId（mdId），格式=”eml://生态信息学.org/eml-2.1.0”，文件=mdFile（mdFile）)
添加数据(dp（差分）,医学博士)

csv文件 <- system.file（系统文件）(“extdata/sample-data.csv”，程序包=“数据包”)
科学ID <- 粘贴(“urn:uuid:”,UUID生成()，9月="")
科学对象 <- 新的(“数据对象”，id=科学ID，格式=“文本/csv”，文件名=csv文件)
dp（差分） <- 添加数据(dp（差分）,科学对象)
身份证 <- 获取标识符(dp（差分）)

向DataPackage添加一个关系，以显示元数据描述或“文档”科学数据：

dp（差分） <- 插入关系(dp（差分），主题ID=mdId（mdId），对象ID=科学ID)
关系 <- 获取关系(dp（差分）)

创建包中关系的资源描述框架表示：

序列化ID <- 粘贴(“资源地图”,UUID生成()，9月="")
文件路径 <- 文件路径(把格式数据写成串(“%s/%s.rdf”,临时目录(),序列化ID))
地位 <- 序列化包(dp（差分）,文件路径，id=序列化ID，解析URI="")

使用BagIt打包格式将数据包保存到文件中：

bagit文件 <- 序列化为BagIt(dp（差分）) 

请注意数据通R包可用于使用上传数据包方法。请参阅文档了解数据通R包，例如：

渐晕(“上传数据”，程序包=“数据中心”)

致谢

此包的工作得到了以下方面的支持：

• NSF-ABI拨款#1262458致C.Gries、M.B.Jones和S.Collins。
• NSF-DATANET拨款#0830944以及#1430508致W.Michener、M.B.Jones、D.Vieglais、S.Allard和P.Cruse
• NSF DIBBS拨款#1443062致T.哈伯曼和M.B.琼斯
• NSF-PLR拨款#1546024致M.B.Jones、S.Baker-Yeboah、J.Dozier、M.Schildhauer和A.Budden
• NSF-PLR拨款#2042102致M.B.Jones、A.Budden、J.Dozier和M.Schildhauer

国家生态分析与合成中心为工作组合作提供了额外支持，该中心由加州大学圣巴巴拉分校和加利福尼亚州资助。