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引用CPTAC分析门户时,请包括以下声明
我们感谢美国国家癌症研究所临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)分析门户网站(assesss.Cancer.gov)用于开发分析并建立本出版物中所述分析的标准。

概述数据来源:UniProt

官方基因符号 其他别名
BCAM公司 卢森堡,MSK19
序列长度(AA) 分子量(Da)
628 67405
蛋白质名称
基底细胞粘附分子
来源
UniProt公司
磷化SitePlus®
基因卡
人类蛋白质阿特拉斯

蛋白质序列悬停以查看完整序列

10 20 30 40 50
甲哌达帕卡 RGAPRLLLLA公司 VLLAAHPDAQ公司 AEVRLSVPPL公司 VEVMRGKSVI公司
60 70 80 90 100
长度 液压溢流阀 RSGARPRLAS公司 AEMQGSELQV公司 TMHDTRGRSP公司
110 120 130 140 150
PYQLDSQGR公司 V(V)A类E类A类V(V)G公司D类E类 R(右)DYVCVVRAG公司 AAGTAEATAR公司 LNVFAKPEAT公司
160 170 180 190 200
EVSPNKGTLS公司 VMEDSAQEIA公司 TCNSRNGNPA公司 PKITWYRNGQ公司 RLEVPVEMNP公司
210 220 230 240 250
EGYMTSRTVR公司 EASGLLSLTS公司 TLYLRLRKDD公司 RDASFHCAAH公司 YSLPEGRHGR公司
260 270 280 290 300
LDSPTFHLTL公司 HYPTEHVQFW公司 VGSPSTPAGW公司 VREGDTVQLL公司 CRGDGSPSPE公司
310 320 330 340 350
YTLFRLQDEQ公司 EEVLNVNLEG公司 NLTLEGVTRG公司 QSGTYGCRVE公司 DYDAADDVQL公司
360 370 380 390 400
SKTLELR公司V(V)A类Y(Y) D类E类S公司E类G公司K(K) VLSLPLNSSA公司 VVNCSVHGLP公司 TPALRWTKDS公司
410 420 430 440 450
TPLGDGPMLS公司 LSSITFDSNG公司 TYVCEASLPT公司 VPVLSRTQNF TLLVQGSPEL公司
460 470 480 490 500
KTAIEPKAD公司 GSWREGDEVT公司 LICSARGHPD公司 PKLSWSQLGG公司 SPAEPIPGRQ公司
510 520 530 540 550
GWVSSSLTLK公司 VTSALSRDGI公司 SCEASNPHGN公司 KRHVHFGFGTV电视 SPQTSQAGVA公司
560 570 580 590 600
VMAVAVSVGL公司 LLLVVAVFYC公司 VRRKGGPCR公司 QRREKGAPPP公司 GEPGLSHSGS公司
610 620 628
EQPEQTGLLM公司 GGASGGARGG公司 SGGFGDEC公司

数据来源:UniProt


蛋白质图谱 折叠蛋白图

靶向肽分析物相对于SNP、异构体和PTM的位置

Uniprot公司数据库登录 磷网站+®

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磷酸化 乙酰化作用 泛素化 其他

加载

装载机

CPTAC-174的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
BCAM公司
顺序
LVLAEAQVGDER公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
110
肽末端
121
CPTAC标识
CPTAC-174型
肽分子质量
1,298.6830
物种
人类 智者 (人类)
分析类型
直接MRM
矩阵
细胞系裂解液池
提交实验室
弗雷德·哈钦森癌症研究中心
提交实验室PI
阿曼达·保罗维奇

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

证明大规模开发标准化分析以量化人类蛋白质的可行性。Kennedy JJ、Abbatiello SE、Kim K、Yan P、Whiteaker JR、Lin C、Kim JS、Zhang Y、Wang X、Ivey RG、Zhao L、Min H、Lee Y、Yu MH、Yang EG、Lee C、Wang P、Rodriguez H、Kim Y、Carr SA、Paulovich AG。Nat方法2014年2月;11(2):149-55. doi:10.1038/nmeth.2763。Epub 2013年12月8日。PMID:24317253


分析参数 折叠分析参数

数据来源:全景

仪器
5500个QTRAP(ABSCIEX)
内部标准
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
13摄氏度,15牛顿度
信用证
nanoLC-Ultra 2D,cHiPLC-nanoflex(Eksigent)
色谱柱填料
ChromXP C18-CL,3微米,120A
立柱尺寸
150 x 0.075毫米
流速
500 nL/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
9岁(1+) 9.2 10.3 11.5 20.8 13.8 18.1 22.7 17.2 21.4 15 25 15
8岁(1+) 10.9 12.4 11.5 21.6 16.5 17.7 24.2 20.6 21.1 15 25 15
y7(1+) 12.8 15.4 8.4 28.5 24.9 16.2 31.2 29.3 18.2 15 25 15
总和 6.8 10.2 8.9 20.9 16.8 15.8 22 19.7 18.1 15 25 15


其他资源和评论

评论

CPTAC-175的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
BCAM公司
顺序
VAYLDPLELSEGK公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
358
肽末端
370
CPTAC标识
CPTAC-175型
肽分子质量
1,432.7450
物种
人类 智者 (人类)
分析类型
直接MRM
矩阵
细胞系裂解液池
提交实验室
弗雷德·哈钦森癌症研究中心
提交实验室PI
阿曼达·保罗维奇

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

证明大规模开发标准化分析以量化人类蛋白质的可行性。Kennedy JJ、Abbatiello SE、Kim K、Yan P、Whiteaker JR、Lin C、Kim JS、Zhang Y、Wang X、Ivey RG、Zhao L、Min H、Lee Y、Yu MH、Yang EG、Lee C、Wang P、Rodriguez H、Kim Y、Carr SA、Paulovich AG。Nat方法2014年2月;11(2):149-55. doi:10.1038/nmeth.2763。Epub 2013年12月8日。PMID:24317253


分析参数 折叠分析参数

数据来源:全景

仪器
5500个QTRAP(ABSCIEX)
内部标准
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
13摄氏度,15牛顿度
信用证
nanoLC-Ultra 2D,cHiPLC-nanoflex(Eksigent)
色谱柱填料
ChromXP C18-CL,3微米,120A
立柱尺寸
150 x 0.075毫米
流速
500 nL/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
y10(1+) 7.8 9.9 8.3 10.7 11.6 7.1 13.2 15.3 10.9 15 25 15
9岁(1+) 6.2 7.2 4.3 10.2 7.6 5 11.9 10.5 6.6 15 25 15
8岁(1+) 4.9 7.6 6.1 10.6 10.1 6.1 11.7 12.6 8.6 15 25 15
总和 3.7 6 4.6 9.7 7.8 4.9 10.4 9.8 6.7 15 25 15


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