CPTAC特征分析是指符合分析表征指导文件。本指导文件符合研究界的建议，即目标蛋白质组学分析的“适合目的”验证要求。
CPTAC分析表征过程包括一组五个实验，如分析表征指导文件的示意图旨在帮助用户在投入时间、金钱和精力在自己的实验室中采用和部署这些分析之前评估分析性能。虽然实验1和实验2是将分析上传到门户网站所必需的，但强烈鼓励进行其他实验，尽管这是可选的。本指导文件不仅为CPTAC团队提供了分析验证要求和说明，也为非CPTAC研究人员提供了分析验证要求和说明，如果他们决定将自己的靶向分析提交到门户网站，以帮助填充这一高质量资源。该指导文件还为作者提供了一个资源，用于向该杂志出版描述肽和蛋白质靶向质谱测量的发展和应用的手稿分子与细胞蛋白质组学.
如果您计划提交分析以上传到CPTAC分析门户，我们建议您使用MS检验员这是一个运行在天际线用于CPTAC分析门户指南文件中描述的五个分析表征实验的质量评估。这个教程演示如何在Skyline中作为外部工具安装和运行MSInspector。MSInspert使研究人员能够通过内置的R脚本测试其Skyline文件的统计计算和数据可视化。html报告文件描述包含差异的数据的错误和警告的详细信息，并显示非冲突数据的统计图像和表格。
目前位于门户网站中的分析通常由“Tier 2”分析组成，如目标蛋白质组学分析的“适合目的”验证建议所定义(分子细胞蛋白质组学2014年，PMID 24443746). 您可以在此处找到分析门户的描述：Nat方法2014年，PMID:24972168，以及如何使用分析门户在此处实施分析的说明：分子生物学方法2016年PMID:26867747.
