阿特姆·兹穆罗夫

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电话：+7 965 714 50 31

电报：@artemzhmurov

本简历：https://artezhmurov.gitlab.io/网页/或https://zhmurov.github.io/网页/

研究概况：谷歌学者,研究员ID,Scopus公司.

GitLab：@阿特姆日穆洛夫.

github：@扎穆洛夫.

社交：推特,一款图片分享应用.

教育

  • 2014年，化学博士，生物化学选项，卢维尔大学（顾问：瓦莱里·巴塞戈夫和肯尼思·马克思)

  • 2012年，数学和物理博士，莫斯科物理与技术研究所（顾问：雅罗斯拉夫·科洛多夫和瓦莱里·巴塞戈夫)

  • 2006年，莫斯科物理与技术学院应用数学与物理硕士（顾问：Alexey Evdokimov）

  • 2004年，莫斯科物理与技术学院应用数学与物理学士（顾问：Andrey Galkin）

就业历史

  • 2022年8月4日–今天：首席研究员/博士（副教授）天狼星大学（俄罗斯索契）

  • 2021年3月16日至2022年8月31日（自2022年3月7日起休假）：生命科学研究软件工程师和领域专家EuroCC瑞典国家能力中心（ENCCS）（瑞典斯德哥尔摩）

  • 2018年11月1日至2022年8月31日（自2022年3月7日起休假）：研究员生命科学实验室（瑞典斯德哥尔摩）

  • 2018年11月1日至2022年8月31日（自2022年3月7日起休假）：核心开发人员GROMACS分子模拟工具包（瑞典斯德哥尔摩）

  • 2020年11月1日至2021年12月31日：应用专家/研究人员PDC，瑞典皇家理工学院（瑞典斯德哥尔摩）

  • 2016年10月1日至2018年10月31日：生物系统计算机和数学建模实验室主任，莫斯科物理技术学院（俄罗斯多尔戈普鲁德尼）

  • 2017年9月1日至2018年8月31日：信息学和计算数学系博士（副教授），莫斯科物理技术学院（俄罗斯多尔戈普鲁德尼）

  • 2012年1月1日至2017年8月31日：计算数学部研究/教学助理，莫斯科物理技术学院（俄罗斯多尔戈普鲁德尼）

  • 2014年10月1日至2016年1月1日：人类生理学实验室博士后研究员，莫斯科物理技术学院（俄罗斯多尔戈普鲁德尼）

  • 2006年9月1日至2010年6月1日：研究/教学助理，卢维尔大学（美国马萨诸塞州洛厄尔）

  • 2005年11月1日至2006年12月31日：网络开发人员，ESTER解决方案（俄罗斯莫斯科）

教学

出版物

  1. E.Kliuchnikov、A.Zhmurov、K.A.Marx、A.Mogilner、V.Barsegov”CellDynaMo-随机反应扩散动力学模型：应用于有丝分裂纺锤体组件的搜索和捕获过程”,PLOS计算。生物。,18:e1010165（2022年）。

  1. N.L.Asquith、C.Duval、A.Zhmurov、S.R.Baker、H.R.McPherson、M.M.Domingues、S.D.A.Connell、V.Barsegov、R.A.S.Ariöns、，”纤维蛋白原纤维堆积和凝块稳定性通过扩展的旋钮-孔相互作用和挡滑键得到增强”,血液进展,6:4015-4027 (2022).

  1. E.Kliuchnikov、E.Klyshko、M.S.Kelly、A.Zhmurov、R.I.Dima、K.A.Marx、V.Barsegov、，”微管组装和拆卸动力学模型：探索动态不稳定性并识别微管生长、突变、缩短和拯救的特征”,计算。结构。生物技术。J。,20分：953-974 (2022).

  1. V.A.Fedorov、E.G.Kholina、I.B.Kovalenko、N.B.Gudimchuk、P.S.Orekhov、A.A.Zhmurov、，”不同计算结构的性能分析更新：分子动力学在蛋白质相互作用中的应用”,超级计算。前沿创新。,第7页：62-67 (2020).

  1. S.Páll、A.Zhmurov、P.Bauer、M.Abraham、M.Lundborg、A.Gray、B.Hess、E.Lindahl、，”GROMACS中分子动力学模拟的异构并行化和加速”,化学杂志。物理学。,153:134110 (2020).

  1. K.A.Jansen、A.Zhmurov、B.E.Vos、G.Portale、D.Hermida-Merino、R.I.Litvinov、V.Tutwiler、N.A.Kurniawan、W.Bras、J.W.Weisel、V.Barsegov、G.H.Koenderink、，”纤维蛋白纤维分子堆积结构的X射线散射和分子模拟研究”,软物质,16:8272-8283 (2020).

  1. M.Abraham、R.Apostolov、J.Barnoud、P.Bauer、C.Blau、A.M.J.J.Bonvin、M.Chavent、J.Chodera、K.Čondic-Jurkic、L.Delemotte、H.Grubmu¨ller、R.J.Howard、E.J.Jordan、E.Lindahl、O.H.S.Ollila、J.Selent、D.G.A.Smith、P.J.Stansfeld、J.K.S.Tiemann、M.Trellet、C.Woods、A.Zhmurov、，”共享分子模拟数据”,化学杂志。通知。建模,59:40930-4099（2019年）。

  1. V.A.Fedorov、P.S.Orekhov、E.G.Kholina、A.A.Zhmurov、F.I.Ataullakhanov、I.B.Kovalenko、N.B.Gudimchuk、，”微管蛋白二聚体内和间界面的力学特性及其对微管动态不稳定性的影响”,公共科学图书馆Comp。生物。,15:e1007327（2019）。

  1. P.S.Orekhov、I.V.Kirillov、V.A.Fedorov、I.B.Kovalenko、N.B.Gudimchuk、A.A.Zhmurov、，”利用高通量并行分子动力学模拟对弹性网络模型进行参数化”,超级公司。前沿创新。,6:19-22 (2019).

  1. R.I.Litvinov、O.Kononova、A.Zhmurov、K.A.Marx、D.Thirumalai、V.Barsegov和J.W.Weisel，”纤维蛋白中的一个调节元件触发张力激活的从抓键到滑键的转换”,程序。国家。阿卡德。科学。美国,115:8575-8580 (2018).

  1. A.Zhmurov、A.D.Protopopova、R.I.Litvinov、P.Zhukov、J.W.Weisel和V.Barsegov，”纤维蛋白低聚物的原子结构模型”,结构,26日：857-868 (2018).

  1. K.A.Minin、A.Zhmurov、K.A.Marx、P.K.Purohit和V.Barsegov，”多肽线圈-线圈基序中α-螺旋到β-片的动态转变”,美国化学杂志。Soc公司。,139:16168-16177 (2017).

  1. Y.F.Zuev、R.I.Litvinov、A.E.Sitnitsky、B.Z.Idiyatullin、D.R.Bakirova、D.K.Galanakis、A.Zhmurov、V.Barsegov和J.W.Weisel，”纤维蛋白原在浓缩溶液中的构象灵活性和自结合”,《物理学杂志》。化学。B类,121:7833-7843 (2017).

  1. N.I.Akberova、A.A.Zhmurov、T.A.Nevzorova和R.I.Litvinov，”抗DNA抗体更喜欢受损的dsDNA”,生物分子杂志。结构。动态。,35:219-232 (2017).

  1. O.Kononova、A.Zhmurov、K.A.Marx和V.Barsegov，”病毒机制，”,《计算生物物理系列：生物分子的粗粒度建模》，编辑：N.Dokholyan和G.Papoian，Taylor和Francis出版社（2017年）。

  1. A.Zhmurov、A.D.Protopopova、R.I.Litvinov、P.Zukov、A.R.Mukhitov、J.W.Weisel和V.Barsegov，”纤维蛋白低聚物界面柔性的结构基础”,结构,24:1907-1917 (2016).

  1. N.I.Akberova、A.A.Zhmurov、T.A.Nevzorova和R.I.Litvinov，”DNA抗体复合物的基本动力学”,生物纳米科学,6:543-549 (2016).

  1. N.I.Akberova、A.A.Zhmurov、T.A.Nevzorova和R.I.Litvinov，”含光加合物DNA与Fab-Anti-DNA抗体片段免疫复合物的分子动力学”,分子生物学。,50:442-451 (2016).

  1. R.Kumar、R.V.Kukreja、L.Li、A.Zhmurov、O.Kononova、S.W.Cai、S.A.Ahmed、V.Barsegov和B.R.Singh，”肉毒神经毒素：最毒毒物酶域的独特折叠”,生物分子杂志。结构。动态。,32:804-815 (2014).

  1. R.A.Toubar、A.Zhmurov、V.Barsegov和K.A.Marx，”天然和单位点突变人β-防御素-1肽的比较模拟研究”,生物分子杂志。结构。动态。,31:174-194 (2013).

  1. O.Kononova、R.I.Litvinov、A.Zhmurov、A.Alekseenko、C.H.Cheng、S.Agarwal、K.A.Marx、J.W.Weisel和V.Barsegov，”纤维蛋白中knob-hole相互作用的分子机制、热力学和解离动力学”,生物学杂志。化学。,288:22681-22692 (2013).

  1. A.Zhmurov、O.Kononova、Y.Kholodov和V.Barsegov，”纤维蛋白中力诱导的从α-螺旋到β-片的相变“，（俄语）计算研究和建模,5:705-725 (2013).

  1. A.Zhmurov、O.Kononova、R.I.Litvinov、R.I.Dima、V.Barsegov和J.W.Weisel，”纤维蛋白（原）中α螺旋线圈到β片的机械转变”,美国化学杂志。Soc公司。,134:20396-20402 (2012).

  1. K.Theisen、A.Zhmurov、M.Newberry、V.Barsegov和R.Dima，”微管原丝纳米力学的多尺度模拟”,《物理学杂志》。化学。B类,116:8545-8555（2012年）。

  1. L.Duan、A.Zhmurov、V.Barsegov和R.I.Dima，”人类突触蛋白1 C2结构域的机械稳定性研究”,《物理学杂志》。化学。B类,115:10133-10146 (2011).

  1. A.Zhmurov、K.Rybnikov、Y.Kholodov和V.Barsegov，”在图形处理器上生成随机数：噬菌体HK97在电子版中的强制压痕”,《物理学杂志》。化学。B类,115:5278-5288 (2011).

  1. A.Zhmurov、A.E.X.Brown、R.I.Litvinov、R.I.Dima、J.W.Weisel和V.Barsegov，”纤维蛋白（原）强制去折叠的机制”,结构,19:1615-1624 (2011).

  1. A.A.Zhmurov、I.I.Morozov、Y.A.Kholodov、V.A.Barsegov和A.S.Kholodov，”用于图形处理器上分子建模的伪随机数的有效生成器“，（俄语）计算研究和建模,三：296-311 (2011).

  1. A.A.Zhmurov、V.A.Barsegov、S.V.Trifonov、Y.A.Kholodov和A.S.Kholodov，”利用朗之万动力学在图形处理器上建模微观力学“，（俄语）数学建模,23:133-156 (2011).

  1. A.Zhmurov、R.I.Dima和V.Barsegov，”多元蛋白质展开的顺序统计理论”,生物物理学。J。,99:1959-1968 (2010).

  1. A.Zhmurov、R.I.Dima、Y.Kholodov和V.Barsegov，”SOP-GPU：在图形处理器上加速百分之一秒时间尺度的生物分子模拟”,蛋白质,78:2984-2999（2010年）。

  1. E.Bura、A.Zhmurov和V.Barsegov”蛋白质去折叠和去绑定数据的非参数密度估计和最优带宽选择”,化学杂志。物理学。,130:015102-015117 (2009).

基金

2017年至2020年：俄罗斯基础研究基金会批准号17-00-00479，“微管蛋白及其与Ndc80复合物的多尺度分子模型研究”。

2017-2019年：俄罗斯科学基金会批准号17-71-10202，“使用共同进化分析描述蛋白质内和蛋白质间的相互作用”。

2016-2017年：莫斯科物理技术研究所“生物系统计算机和数学建模实验室”授予5-100个青年实验室。

2015–2017年：俄罗斯基础研究基金会批准号15-37-21027，“蛋白质纤维纳米力学的分子建模研究”。

2015-2016年：俄罗斯基础研究基金会批准号15-01-06721，“纤维蛋白低聚物、原纤维、纤维蛋白纤维和纤维蛋白凝胶的多尺度分子模型研究”。

2014年至2016年：莫斯科物理与技术研究所博士后奖学金，“从纤维蛋白的结构和分子起源到血栓形成和止血的生物力学”。

2012年至2013年：俄罗斯教育和科学部14.A182.11520号拨款，“使用多级描述和混合计算架构相结合的大型生物分子复合体建模”。

2012-2013年：俄罗斯基础研究基金会批准号12-04-31861，“使用GPU上实现的化学精确粗粒度模型对DNA进行分子建模”。