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弗兰克·温伯格;马库斯·内贝尔（Markus E.Nebel）。

将长度相关随机无上下文文法应用于RNA二级结构预测。 （英语） Zbl 1461.68100号

算法（巴塞尔） 4，第4期，223-238（2011）.
摘要：为了能够捕获共转录折叠的效果，我们扩展了随机上下文无关文法，使得应用规则的概率取决于规则引入的符号最终生成的子单词的长度，我们还表明，现有的训练和确定最可能解析树的算法可以很容易地适应扩展模型，而不会损失性能。此外，我们还表明，扩展模型适用于提高RNA二级结构预测的质量。该扩展模型还可以应用于其他领域，在这些领域中，像自然语言处理一样使用随机上下文无关文法。此外，它还引发了形式语言领域中一些有趣的问题。

引用于1文件

MSC公司：

第68季度第42季度 语法和重写系统
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

随机上下文无关文法;长度相关性;RNA二级结构预测

软件：

KineFold公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{F.Weinberg}和\textit{M.E.Nebel}，算法（巴塞尔）4，第4期，223--238（2011；Zbl 1461.68100）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Nussinov，R。；捷克共和国。；R’Griggs，J。；Kleitmann，D.J。；循环匹配算法；SIAM J.应用。数学。：1978; 第35卷，第68-82页·Zbl 0411.92008号
[2] Zuker，M。；施蒂格勒，P。；利用热力学和辅助信息优化大RNA序列的计算机折叠；核酸研究：1981年；第9卷，133-148。
[3] Knudsen，B。；海因，J。；使用随机上下文无关语法和进化史的RNA二级结构预测；生物信息学：1999年；第15卷，446-454。
[4] 安德森，E.S。；DNA和RNA结构的预测与设计；新生物技术：2010; 第27卷，184-193。
[5] Xayaphoumine，A。；Bucher，T。；Isambert，H。；Kinefold web服务器，用于RNA/DNA折叠路径和结构预测，包括假结和结；核酸研究：2005；第33卷，W605-W610。
[6] Boyle，J。；罗比拉德，G.T。；Kim，S。；转移RNA的序列折叠：具有共同5′端的连续较长tRNA片段的核磁共振研究；分子生物学杂志：1980; 第139卷，601-625。
[7] 梅耶，I。；米克洛斯，I。；共转录折叠在RNA基因中编码；BMC分子生物学：2004; 第5卷，第10卷。
[8] Harrison，文学硕士；形式语言理论导论：波士顿，马萨诸塞州，美国1978年·Zbl 0411.68058号
[9] 杜宾，R。；Eddy，S.R。；Krogh，A。；米奇逊，G；生物序列分析：英国剑桥，1998年·Zbl 0929.92010号
[10] Stolcke，A。；一种计算前缀概率的高效概率上下文无关分析算法；计算。语言学家：1995; 第21卷，165-201。
[11] 普雷舍，D。；期望最大化算法教程，包括概率上下文无关文法的最大似然估计和EM训练。
[12] Chi，T。；Geman，S。；概率上下文无关文法的估计；计算。语言学家：1998; 第24卷，299-305。
[13] 罗德·道尔。；Eddy，S.R.公司。；几种用于RNA二级结构预测的轻量级随机无上下文文法的评价；BMC生物信息：2004; 第5卷，第71页。
[14] 斯普林兹尔，M。；哈萨克斯坦瓦西连科。；艾默里奇，J。；鲍尔，F。；tRNA序列和tRNA基因序列的编译。
[15] M.E.内贝尔。；识别RNA二级结构的良好预测。
[16] Wild，S。；解决RNA-RNA相互作用问题的Earley型解析器；学士学位论文：德国凯泽斯劳滕，2010年。
[17] 温伯格，F。；位置和长度相关的上下文无关语法；Theorietag Automaten und Formale Sprachen 2009年：德国哈雷，2009年。
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