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刁、嘉浩;特里斯坦·L·斯塔克。;大卫·利伯莱斯（David A.Liberles）。;O'Reilly，Małgorzata M。;巴巴拉·霍兰德。

基因重复家族进化的水平相关QBD模型。 （英语） Zbl 1451.60085号

斯托克。模型 36，第2期，285-311页（2020年）.
摘要：基因家族是一组由重复形成的进化相关基因。基因家族中的基因可以执行一系列不同但可能重叠的功能。复制过程产生一个与被复制的基因具有相同功能的基因，随着时间的推移，该基因会发生分化。在本文中，我们探索了基因家族持续进化的不同模型。首先，我们考虑一个具有多维状态空间的详细模型，该模型由二进制矩阵组成，其中矩阵的行对应于基因，列对应于函数，第个条目记录基因是否执行函数。该模型的状态空间较大，不适合进行数值分析，但通过考虑该详细模型的行为，我们可以测试两个具有更易处理状态空间的替代模型的适用性。接下来，我们考虑具有二维状态\（（（n，m）\）的准出生和死亡过程（QBD）。状态（n，m）记录家族中基因的数量（n=1，2，ldots），以及所谓冗余基因（允许丢失）的数量（m=0，1，ldot，n）。我们将其与具有三维状态（（n，m，k）的依赖于能级的QBD进行对比，三维状态记录了影响转换速率的额外信息（k=1，ldots，k）。我们表明，具有二维状态（n，m）的模型不足以进行有意义的分析，而具有三维状态（n、m，k）的模型能够捕获详细模型的定性行为。我们用数值例子说明了依赖于能级的QBD与原始详细模型之间的拟合。

引用于2文件

MSC公司：

60J28型 连续时间Markov过程在离散状态空间中的应用
92D10型 遗传学和表观遗传学

关键词：

基因家族进化;水平相关的准生灭过程;马尔可夫链;矩阵分析法
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Diao}等人，斯托克。型号36，编号2，285--311（2020；Zbl 1451.60085）
全文： 内政部

参考文献：

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