俞祖国;Anh,Vo(弗吉尼亚州安);刘嘉星 基于详细HP模型及其多重分形和相关分析的蛋白质序列的混沌博弈表示。 (英语) Zbl 1439.92148号 J.西奥。生物。 226,第3期,341-348(2004). 摘要:类似于由H.J.杰弗里【“基因结构的混沌博弈表示”,《核酸研究》18,第8期,2163-2170(1990;doi:10.1093/nar/18.8.2163)]基于详细的HP模型,提出了一种新的蛋白质序列CGR。对基于全基因组蛋白质序列CGR的测度进行了多重分形和相关分析。所研究的所有生物体的(D_q)光谱都是多重分形的,并且足够平滑,因此(C_q)曲线是有意义的。细菌的C_q曲线在临界点处类似于经典相变。为了构建更精确的细菌系统发育树,还提出了基于蛋白质序列CGR的差异度量与其分形背景之间的相关距离。 引用于19文件 MSC公司: 92D20型 蛋白质序列,DNA序列 91A80型 博弈论的应用 28A80型 分形 关键词:蛋白质序列的混沌博弈表示;分形分析;相关分析;系统发育树 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \文本{Z.-G.Yu}等人,J.Theor。生物学226,第3期,341--348(2004;Zbl 1439.92148) 全文: 内政部 链接 参考文献: [1] Anh,V.V。;Lau,K.S。;Yu,Z.G.,从完整基因组片段中识别生物体,Phys。修订版E,66331910(2002) [2] Barnsley,M.F.,《Fractal Everywhere》(1988),《Springer:Springer Berlin》,纽约 [3] 巴苏,S。;潘,A。;杜塔,C。;Das,J.,蛋白质的混沌游戏表示,J.分子图形模型。,15, 279-289 (1997) [4] 玻尔,T。;Jensen,M.,《多重分形集描述中的序参数、对称破缺和相变》,Phys。版本A,364904-4915(1987) [5] Brown,T.A.,遗传学(1998),查普曼和霍尔:查普曼&霍尔伦敦 [6] Canessa,E.,《时间序列中的多重分形》,J.Phys。A: 数学。编号。Gen.,33,3637-3651(2000)·Zbl 0954.91045号 [7] Chan,H.S。;Dill,K.A.,《紧凑聚合物,大分子》,22,4559-4573(1989) [8] Chothia,C.,《分子生物学家的一千个家族》,《自然》(伦敦),357543-544(1992) [9] Dill,K.A.,球状蛋白的折叠和稳定性理论,生物化学,241501-1509(1985) [10] Fiser,A。;图斯纳迪,G.E。;Simon,I.,蛋白质结构的混沌游戏表示,J.Mol.Graphics,12,302-304(1994) [11] 弗雷泽,C.M.,生殖支原体的最小基因补体,《科学》,270397-404(1995) [12] 古铁雷斯,J.M。;Iglesias,A。;Rodriguez,M.A.,《DNA核苷酸序列的多重分形结构分析》(Barbi,M.;Chillemi,S.,《生物学和医学中的混沌与噪音》(1998),《世界科学:世界科学新加坡》,315-319 [13] 古铁雷斯,J.M。;罗德里格斯,文学硕士。;Abramson,G.,使用新的chaos-game表示法对DNA序列进行多重分形分析,Physica A,300,271-284(2001)·Zbl 1022.91500号 [14] Halsy,T。;Jensen,M。;卡丹诺夫。;普罗卡西亚,I。;Schraiman,B.,《分形测度及其奇点——奇异集的表征》,Phys。修订版A,331141-1151(1986)·Zbl 1184.37028号 [15] Hao,B.L。;Lee,H.C。;Zhang,S.Y.,与长DNA序列和完整基因组相关的分形,混沌,孤子分形,11,6,825-836(2000)·Zbl 0959.92019 [16] Hao,B.L。;谢海明。;Yu,Z.G。;Chen,G.Y.,《避免细菌完整基因组中的字符串和相关组合问题》,《Ann.Combin.》,第4期,第247-255页(2000年)·Zbl 0970.05007号 [17] Hentschel,H.G.E。;Procaccia,I.,《分形和奇异吸引子的广义维数的无穷多》,Physica D,8435-444(1983)·Zbl 0538.58026号 [18] Iwabe,N.,从重复基因的系统发育树推断的古细菌、真核生物和真核生物的进化关系,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,86,9355-9359(1989) [19] Jeffrey,H.J.,基因结构的混沌游戏表示,核酸研究,18,2163-2170(1990) [20] Katzen,D。;Procaccia,I.,多重分形热力学形式中的相变,物理学。修订稿。,58, 1169-1172 (1987) [21] 劳伦斯·J·G。;Ochman,H.,大肠杆菌基因组的分子考古学,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,959413-9417(1998) [22] Lee,J。;Stanley,H.E.,扩散限制聚集多重分形谱中的相变,Phys。修订稿。,61, 2945-2948 (1998) [23] 李,H。;赫林,R。;唐,C。;Wingreen,N.S.,蛋白质折叠简单模型中优选结构的出现,科学,273666-669(1996) [24] Li,M.,基于信息的序列距离及其在整个线粒体基因组系统发育中的应用,生物信息学,17,149-154(2001) [25] 米歇莱蒂,C。;巴纳瓦尔,J.R。;Maritan,A。;Seno,F.,模型蛋白质中的立体约束,Phys。修订稿。,805683-5686(1998年) [26] Peng,C.K。;Buldyrev,S。;Goldberg,A.L。;哈夫林,S。;西奥蒂诺,F。;西蒙斯,M。;Stanley,H.E.,核苷酸序列的长程相关性,《自然》,356168(1992) [27] Pennisi,E.,《生命的基因组数据摇动树》,《科学》,280672-674(1998) [28] Qi,J.,Wang,B.,Hao,B.L.,2002年。基于无序列比对的完整基因组树构建的原核生物系统发育。《分子进化杂志》。(印刷中)。 [29] Shih,C.T。;苏振英。;Gwan,J.F。;Hao,B.L。;谢家华。;Lee,H.C.,《HP模型、可设计性和蛋白质结构中的α依赖性》,Phys。修订稿。,84, 2, 386-389 (2000) [30] Shih,C.T。;Su,Z.Y。;Gwan,J.F。;Hao,B.L。;谢家华。;Lee,H.C.,平均场HP模型、大-小模型和真实蛋白质序列的几何和统计特性,Phys。E版,65,041923(2002) [31] Tél,T。;弗罗普。;Vicsek,T.,几何多重分形分形维数的测定,《物理学A》,159,155-166(1989) [32] Wang,J。;Wang,W.,蛋白质简化表示有效性的建模研究,Phys。E版,616981-6986(2000) [33] 王,B。;Yu,Z.G.,表征晶格蛋白模型紧密结构的一种方法,J.Chem。物理。,112, 6084-6088 (2000) [34] Woese,C.R.,普世祖先,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,95,6854-6859(1998) [35] Yu,Z.G。;Jiang,P.,基于完整基因组的生物体肖像之间的距离、相关性和相互信息,Phys。莱特。A、 28634-46(2001)·兹比尔0969.92507 [36] Yu,Z.G。;Hao,B.L。;谢海明。;Chen,G.Y.,与全基因组中标记字符串定义的语言相关的分形维数,混沌,孤子分形,11,14,2215-2222(2000)·兹伯利0980.92026 [37] Yu,Z.G。;Anh,V.V。;Lau,K.S.,《全基因组的度量表示和多重分形分析》,Phys。E版,64,031903(2001) [38] Yu,Z.G.,Anh,V.V.,Lau,K.S.,2002年。基于详细HP模型的大蛋白测量表示的分形分析,提交出版。 [39] Yu,Z.G。;Anh,V.V。;Lau,K.S.,《全基因组蛋白质序列的多重分形和相关性分析》,Phys。E版,68,021913(2003) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。