加西亚·洛佩斯，杰苏斯;弗罗林·马内亚;维克托·米特拉纳 前缀-后缀复制。 （英语） Zbl 1410.68202号 J.计算。系统。科学。 80，第7期，1254-1265（2014）. 摘要：我们考虑对单词进行一种生物启发的形式化操作，称为前缀-后缀复制，它包括对给定单词的前缀或后缀的复制。考虑了通过对单词重复前缀后缀的迭代应用来定义的语言类。我们证明了这样一种语言是无上下文的，当且仅当初始单词只包含一个字母时。此外，这个类中的每一种语言都是双线性的，并且属于\（\mathbf｛NL｝\）。我们提出了一种时间和空间识别算法。进一步提出了两种算法来计算两个单词之间的前缀-后缀重复距离，定义为为了得到另一个单词而对其中一个单词进行前缀-后缀复制的最小次数。第一种算法以立方时间运行，并使用二次空间，而第二种算法效率更高，具有（mathcal O（n^2\log n））时间复杂性，但需要（mathcalO（n*2\log n，）空间。 引用于1审查引用于6文件 MSC公司： 65年第68季度 形式语言和自动机 68瓦32 字符串上的算法 68瓦40 算法分析 关键词：生物激励操作;前缀后缀重复;语言理论属性;前缀后缀复制距离;关于单词的算法 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \文本{J.García López}等人，J.Comput。系统。科学。80，第7号，1254--1265（2014；Zbl 1410.68202） 全文： 内政部 参考文献： [1] Benson，G。；Dong，L.，重建串联重复序列的重复历史，（Lengauer，T.；Schneider，R.；Bork，P.；Brutlag，D.L.；Glasgow，J.I.；Mewes，H.-W.；Zimmer，R.，Proc.Int.Conf.Intell.Syst.Mol.Biol.（1999），AAAI:AAAI Heidelberg，德国），44-53 [2] Benson，D.A.，《串联重复查找器：DNA序列分析程序》，《核酸研究》，27，2，573-580（1999） [3] Bovet，D.P。；Varricchio，S.，《关于由复制系统生成的二进制字母表上语言的规则性》，Inf.Process。莱特。，44, 3, 119-123 (1992) ·Zbl 0759.68049号 [4] Chan，S.R。；Blackburn，E.H.，端粒和端粒酶，Philos。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。，359, 109-121 (2004) [5] 克罗西莫尔，M。；Rytter，W.，《平方、立方体和时空高效字符串搜索》，《算法》，13，5，405-425（1995）·Zbl 0849.68044号 [6] Dassow，J。；米特拉纳，V。；鲍恩，Gh。《关于重复闭合的规律》，布尔。欧洲协会。计算。科学。，68, 133-136 (1999) ·Zbl 0941.68605号 [7] 埃伦菲赫特，A。；Rozenberg，G.，关于EOL系统的分离能力，RAIRO Inform。Théor。，17, 1, 13-22 (1983) ·Zbl 0512.68059号 [8] Gusfield，D.，《字符串、树和序列的算法：计算机科学和计算生物学》（1997），剑桥大学出版社：剑桥大学出版社，纽约州纽约市，美国·Zbl 0934.68103号 [9] Kärkkäinen，J。；桑德斯，P。；Burkhardt，S.，线性工作后缀数组构造，J.ACM，53，918-936（2006）·Zbl 1326.68111号 [10] Leupold，P。；米特拉纳，V。；Sempere，J.M.，《基因重复重复产生的形式语言》，（Jonoska，N.；Paun，G.；Rozenberg，G，《分子计算方面》，分子计算方面，LNCS，第2950卷（2004），Springer-Verlag:Springer-Verlag Berlin），301-310 [11] Leupold，P.，《减少重复》（Holub，J.；Zdarek，J.，布拉格架构学会议（2009）），225-236 [12] Murnane，J.P.，端粒功能障碍和染色体不稳定性，突变。第730号决议，第28-36页（2012年） [13] Ogden，W.，一个有助于证明固有歧义的结果，数学。系统。理论，2，3，191-194（1968）·Zbl 0175.27802号 [14] Papadimitriou，C.，计算复杂性（1994），Addison-Wesley·Zbl 0833.68049号 [15] Pennisi，E.，《基因组复制：进化的东西？》？，《科学》，2942458-2460（2001） [16] Preston，R.J.，端粒，端粒酶和染色体稳定性，Radiate。Res.，147，529-534（1997） [17] Rozenberg，G。；Salomaa，A.，《形式语言手册》，第卷。I-III（1997），《施普林格-弗拉格：柏林施普林格·Zbl 0866.68057号 [18] Searls，D.B.，《生物序列的计算语言学》（Hunter，L.，《人工智能和分子生物学》（1993），麻省理工学院出版社：麻省理工大剑桥出版社），47-120 [19] 索科尔，D。；Benson，G。；Tojeira，J.，编辑距离上的串联重复，生物信息学，23，2，30-35（2007） [20] Stein，L.D.，《开始的终结》，《自然》，431，915-916（2004） [21] Wang，M.-w.，关于重复闭合的不规则性，Bull。欧洲协会。计算。科学。，70, 162-163 (2000) ·Zbl 0983.68111号 [22] 瓦宾斯基，I。；Pfeffer，A。；弗里德曼，N。；Regev，A.，《真菌复制的自然历史和进化原则》，《自然》，449，54-61（2007） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。