×

随机反应系统的模型简化。 (英语) Zbl 1401.92097号

Holcman,David(编辑),计算细胞生物学的随机过程、多尺度建模和数值方法。查姆:施普林格(ISBN 978-3-319-62626-0/hbk;978-3-3169-62627-7/电子书)。143-158(2017年)。
摘要:通常情况下,一个系统中的一个或多个物种比其他物种丰富得多。在这种情况下,求解或模拟整个系统的主方程是不必要的,因为只有不太丰富的物种才会表现出显著的涨落数量。在这里,我们提出了一种简单的技术,通过这种技术,我们可以从整个系统的主方程中获得仅适用于不太丰富物种的简化主方程。该方法通过化学、分子生物学和生态学中的各种示例进行了说明。
关于整个系列,请参见[Zbl 1392.92002号].

理学硕士:

92C45型 生物化学问题动力学(药代动力学、酶动力学等)
92D25型 人口动态(概述)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] N.van Kampen,《物理和化学中的随机过程》,第3版。(爱思唯尔,阿姆斯特丹,2007)·兹比尔0974.60020
[2] C.Gadgel,C.Lee,H.Othmer,一级反应网络的随机分析。牛。数学。《生物学》67,901-946(2005)·Zbl 1334.92473号 ·doi:10.1016/j.bulm.2004.09.009
[3] D.T.Gillespie,耦合化学反应的精确随机模拟。《物理学杂志》。化学。81, 2340-2361 (1977) ·doi:10.1021/j100540a008
[4] A.Hellander,P.Lötstedt,化学主方程的混合方法。J.计算。物理学。227, 100-122 (2007) ·Zbl 1126.80010号 ·doi:10.1016/j.jcp.2007.07.020
[5] S.Peleš,B.Munsky,M.Khammash,使用时间尺度分离和有限状态投影简化和求解化学主方程。化学杂志。物理学。125204104(2006年)·doi:10.1063/1.2397685
[6] P.Thomas,A.V.Straube,R.Grima,《慢尺度线性噪声近似:时间尺度分离条件下生化网络的精确、简化随机描述》。BMC系统。生物学6,39(2012)·doi:10.1186/1752-0509-6-39
[7] T.Jahnke,《关于化学主方程的简化模型》。SIAM多尺度模型。模拟。9, 1646-1676 (2011) ·Zbl 1244.65005号 ·doi:10.1137/10821500
[8] S.Smith,C.Cianci,R.Grima,具有丰富物种的随机化学系统的模型简化。化学杂志。物理学。143, 214105 (2015) ·doi:10.1063/1.4936394
[9] R.Grima,D.Schmidt,T.Newman,遗传反馈回路的稳态波动:精确解。化学杂志。物理学。137, 035104 (2012) ·doi:10.1063/1.4736721
[10] C.Cianci,S.Smith,R.Grima,平衡化学系统随机模型中的分子有限尺寸效应。化学杂志。物理学。144, 084101 (2016) ·doi:10.1063/1.4941583
[11] V.Shahrezaei,P.S.Swain,随机基因表达的分析分布。程序。国家。阿卡德。科学。105, 17256-17261 (2008) ·doi:10.1073/pnas.0803850105
[12] S.Schnell,C.Mendoza,时间依赖性酶动力学的封闭溶液。J.西奥。《生物学》187,207-212(1997)·doi:10.1006/jtbi.1997.0425
[13] R.Grima,稳态条件下Michaelis-Menten方程的噪声诱导破裂。物理学。修订稿。102, 218103 (2009) ·doi:10.1103/PhysRevLett.102.218103
[14] D.Gonze,J.Halloy,A.Goldbeter,《分子噪声对昼夜节律的鲁棒性》。程序。国家。阿卡德。科学。99, 673-678 (2002) ·doi:10.1073/pnas.022628299
[15] P.Thomas,A.V.Straube,J.Timmer,C.Fleck,R.Grima,单细胞噪声诱导振荡中非线性的特征。J.西奥。《生物》335222-234(2013)·Zbl 1397.92176号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2013.06.021
[16] Y.Taniguchi,P.Choi,G.Li,H.Chen,M.Babu,J.Hearn,A.Emili,X.S.Xie,单细胞单分子敏感性蛋白质组和转录组的定量。《科学》329,533-538(2010)
[17] J.Ross,I.Schreiber,V.MO,《复杂反应机制的测定:化学、生物和遗传网络的分析》(牛津大学出版社,牛津,2005)
[18] J.Murray,(数学生物学I:导论)(Springer,纽约,2002)·兹比尔1006.92001
[19] S.Smith,V.Shahrezaei,一维一步主方程的一般瞬态解。物理学。版本E 91,062119(2015)·doi:10.103/物理版本E.91.062119
[20] C.Gardiner,《随机方法手册》(Springer,柏林,1985)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。