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基于线性噪声近似的化学动力学随机混合近似。 (英语) Zbl 1382.92269号

Bartocci,Ezio(编辑)等人,《系统生物学中的计算方法》。2016年9月21日至23日,第14届国际会议,CMSB 2016,英国剑桥。诉讼程序。查姆:施普林格(ISBN 978-3-319-45176-3/pbk;978-3-3169-45177-0/电子书)。计算机科学课程讲稿9859。生物信息学课堂讲稿,147-167(2016)。
概述:线性噪声近似(LNA)是CME的连续近似,它提高了可伸缩性,并且对于满足跳跃条件的反应是准确的。我们提出了一种新的化学反应网络随机混合近似方法,该方法基于根据跳跃条件将物种和反应自适应划分为两类,一类是通过CME进行数值求解,另一类是使用LNA进行数值求解。跳跃准则比基于种群阈值的划分更通用,并且该方法可以与CME的任何数值解相结合。然后,我们使用该混合模型导出了随机演化逻辑(SEL)的快速近似模型检查算法。对几个案例研究的实验评估表明,这些技术能够为一大类系统,特别是那些具有动态刚度的系统提供准确的随机特征,从而显著提高了计算时间,同时保持可扩展性。
关于整个系列,请参见[Zbl 1344.92007年].

MSC公司:

92E20型 化学中的经典流动、反应等
68问题55 计算理论中的语义学
92-08 生物问题的计算方法
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