布里·康明斯;托马斯·基迪恩;肖恩·哈克;康斯坦丁·米柴科夫;莫，卡丰 交换网络参数空间的组合表示。 （英语） 兹比尔1360.37180 SIAM J.应用。动态。系统。 15，第4期，2176-2212（2016）. 摘要：我们描述了监管网络生成的动态签名（\（mathsf{DSGRN}\））数据库的理论和计算框架。这种动机源于迫切需要了解生物相关信号转导/基因调控网络的全球动力学，这些网络至少有5到10个节点，涉及多种相互作用，并具有数十年的参数。数据库计算的输入是一个调节网络，即一个有向图，其边缘指示上下调节。基于开关网络的计算模型由调控网络生成。该模型的相空间维数等于节点数，相关参数空间由每个节点的一个参数组成（衰减率）以及每条边的三个参数（低表达水平、高表达水平和表达水平变化的阈值）。由于开关系统的非线性是分段常数，因此相空间可以自然分解为单元，从中可以用状态转移图组合描述动力学。这反过来导致了全球动力学的紧凑表示，称为带注释的莫尔斯图，用于识别循环和非循环动力学。本文的重点是构造参数空间的自然可计算有限分解，将其分解为带注释的动力学莫尔斯图描述不变的域。我们使用这种分解构造一个SQL数据库，该数据库可以有效地搜索动态特征，如双稳态、稳定或不稳定振荡以及稳定平衡。我们包括两个简单的3节点网络，以提供存储在数据库中的信息类型的小显式示例。为了证明该系统的计算能力，我们考虑一个与p53相关的简单网络，该网络包含5个节点和29维参数空间。 引用于21文件 MSC公司： 37N25号 生物学中的动力系统 37纳米30 数值分析中的动力系统 92立方厘米 系统生物学、网络 关键词：监管网络;全球动力学;交换系统 软件：QEPCAD公司;DSGRN公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.Cummins}等人，SIAM J.Appl。动态。系统。15，第4号，2176--2212（2016；Zbl 1360.37180） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] A.V.Aho，M.R.Garey，J.D.Ullman，《有向图的传递约简》，SIAM J.Compute。，1（1972年），第131-137页·Zbl 0247.05128号 [2] 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