奥穆尔·阿尔斯兰;Dan P.古拉尔尼克。;丹尼尔·科迪切克（Daniel E.Koditschek）。 系统发育树比较的判别方法。 （英语） Zbl 1358.05052号 离散应用程序。数学。 217，第3部分，405-426（2017）. 摘要：在本文中，我们介绍并研究了三种新的系统发育树有效判别比较方法。NNI导航差异性\（d_{nav}\）计算沿二进制层次结构的最近邻交换（NNI）图的“梳理”步骤，以“编辑长度”的形式提供（NP-hard）NNI距离的有效近似值。同时，（d_{nav}）的闭式公式将其表示为簇间成对不相容性的加权计数，使其具有边相异性度量的特征。将这个公式放宽到一个简单的计数，就产生了所有树的另一个度量——交叉相异度（d_{CM}）。这两种差异在二元层次上都是对称的和正定的（仅在相同的树之间消失），但它们不能满足三角形不等式。然而，这两个指标的下限是广泛使用的Robinson-Foulds度量，上限是一个密切相关的真度量，即聚类普通度量（d_{CC}）。我们证明了三个提出的新差异中的每一个都可以在叶数（n）的时间（operatorname{O}（n^2））中计算，并通过与Robinson-Foulds度量和最近引入的匹配-分割距离相比较，对这些差异在树空间上的分布进行了简要的数值探索，从而结束本文。 MSC公司： 05二氧化碳 树 关键词：系统发育树;进化树;最近邻互通式立交;分类的比较;树度量 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{O.Arslan}等人，《离散应用》。数学。217，第3部分，405--426（2017；Zbl 1358.05052） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] 艾伦，B.L。；Steel，M.，《进化树上的子树转移操作及其诱导度量》，Ann.Comb。，5, 1-15 (2001) ·兹伯利0978.05023 [3] O.阿尔斯兰。；Guralnik，D.P。；Koditschek，D.E.，《通过层次聚类导航不同的欧几里德粒子》（Algorithmic Foundations of Robotics XI.Algorithric Foundation of Robotic XI，Springer Tracts in Advanced Robotics，vol.107（2015）），19-36 [4] O.阿尔斯兰。；Guralnik，D.P。；Koditschek，D.E.，《通过分层聚类实现机器人协调导航》，IEEE Trans。机器人。，32, 2, 352-371 (2016) [5] 北阿扬扬。；库马尔，V。；Koditschek，D.，创建、维护和重新配置具有通信约束的机器人编队的控制器合成，（机器人研究。机器人研究，高级机器人中的Springer Tracts，第70卷（2011年），Springer：Springer Berlin Heidelberg），625-642·兹比尔1250.93082 [6] Barthélemy，J.-P。；McMorris，F.，《n棵树的中值法》，J.分类，3，2，329-334（1986）·Zbl 0617.62066号 [7] Billera，L.J。；霍姆斯，S.P。；Vogtmann，K.，《系统发育树空间的几何》，Adv.Appl。数学。，2733-767（2001年）·Zbl 0995.92035号 [8] 博格达诺维奇，D。；Giaro，K.，无根二元系统发育树的匹配分割距离，IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。，9, 1, 150-160 (2012) [9] Bremer，K.，《组合成分共识》，分支分类学，6，4，369-372（1990） [10] 布朗，E.K。；Day，W.H.E.，最近邻交换度量的计算效率近似，J.分类，193-124（1984）·Zbl 0563.62033号 [11] Bryant，D.，（系统发育学共识方法的分类。系统发育学的共识方法分类，离散数学和理论计算机科学中的DIMACS系列，第61卷（2003）），163-184·Zbl 1029.05032号 [12] R.R.伯里奇。；Rizzi，A.A。；Koditschek，D.E.，《动态灵巧机器人行为的序列合成》，国际机器人杂志。研究，18，6，535-555（1999） [14] 卡尔森，G。；Mémoli，F.，层次聚类方法的特征、稳定性和收敛性，J.Mach。学习。Res.，11425-1470（2010）·Zbl 1242.62050 [15] 库利克二世，K。；Wood，D.，关于一些树木相似性度量的注释，Inform。过程。莱特。，15, 1, 39-42 (1982) ·Zbl 0489.68058号 [16] 戴尔，M。；Moon，J.，《加泰罗尼亚三组的置换类比》，J.Statist。计划。推理，34，1，75-87（1993）·Zbl 0777.05006号 [17] 达斯·古普塔，B。；何，X。；姜涛（Jiang，T.）。；李，M。；Tromp，J。；张，L.，关于系统发育树之间的距离，（第八届ACM-SIAM离散算法年会论文集（1997），工业和应用数学学会），427-436·Zbl 1321.92061号 [18] Day，W.H.E.，《比较树木与标记树叶的最佳算法》，J.Classification，2,7-28（1985）·Zbl 0589.62044号 [19] 爱泼斯坦，D。；帕特森，M。；坎农，J。；霍尔特，D。；Levy，S。；瑟斯顿，W.P.，《群组中的文字处理》（1992），AK Peters，Ltd·2017年7月64日 [20] Felsenstein，J.，《类推系统发育》（Inferring Phylogenies）（2004年），西诺协会：美国苏德兰西诺协会 [21] Jain，A.K。；Dubes，R.C.，《聚类数据算法》（1988），Prentice-Hall，Inc·兹比尔0665.62061 [22] James Rohlf，F.，比较分类的共识指数，数学。生物科学。，59, 1, 131-144 (1982) [23] 李，M。；Tromp，J。；Zhang，L.，关于进化树之间的最近邻交换距离，J.Theoret。《生物学》，463-467（1996） [24] Lin，Y。；拉詹，V。；Moret，B.，基于匹配的系统发育树度量，IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。，9, 4, 1014-1022 (2012) [25] Margush，T。；McMorris，F.R.，共识n树，公牛。数学。生物学，43，2，239-244（1981）·Zbl 0455.92019号 [26] 摩尔，G。；古德曼，M。；Barnabas，J.，《从加性假设的角度对分子数据集提出的树状图问题进行迭代的方法》，J.Theoret。《生物学》，38，3423-457（1973） [27] Rammal，R。；图卢兹，G。；Virasoro，M.A.，《物理学家的超测量性》，现代物理学评论。，58, 3, 765 (1986) [28] Rice，J.A.，《数理统计与数据分析》（2007年），《Cengage Learning》 [29] 罗宾逊，D.，《标记树与配价三的比较》，J.Combin。B、 11、2、105-119（1971）·Zbl 0185.27704号 [30] 罗宾逊，D.F。；Foulds，L.R.，系统发育树的比较，数学。生物科学。，53, 1-2, 131-147 (1981) ·Zbl 0451.92006号 [31] Schrijver，A.，《组合优化：多面体与效率》，第24卷（2003），施普林格出版社·Zbl 1041.90001号 [32] Semple，C。；Steel，M.，《系统发育学》，第24卷（2003），牛津大学出版社·Zbl 1043.92026 [35] 沃特曼，M。；Smith，T.，《关于树状图的相似性》，J.Theoret。生物学，73，4789-800（1978） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。