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尹兆明;唐继军;斯蒂芬·谢弗（Stephen W.Schaeffer）。;巴德，大卫·A。

示例或匹配：用不相等的基因组数据建模DCJ问题。 （英语） Zbl 1356.90131号

J.库姆。最佳方案。 32，第4期，1165-1181（2016）.
小结：DCJ模型下的编辑距离可以用线性时间计算，用于具有相同内容的基因组或使用Indels。但它变成了NP公司-在存在重复的情况下很难解决，这是一个基本上没有解决的问题，尤其是当考虑Indels（即插入和删除）时。本文比较了两种主流的处理重复的方法，并将它们与索引关联起来：一种是通过删除，即DCJ-Indel-Emplar距离；与另一个通过基因匹配，即DCJ-Indel-matching距离。我们使用一组优化方法设计分枝定界算法，以计算两者的精确距离。此外，结合这两种距离方法讨论了中值问题，这两种方法都是为了找到一个中值基因组，使其自身与三个给定基因组之间的距离最小化。Lin-Kernighan启发式被子图分解和搜索空间缩减技术所利用和支持，以处理中值计算。在合成数据集和实际数据集上进行了大量实验，以展示这两个距离度量本身的优缺点，并将其置于中值计算场景中。

引用于2文件

理学硕士：

90C27型 组合优化
90C57型 多面体组合学，分支与绑定，分支与切割
90 C59 数学规划中的近似方法和启发式
90 C90 数学规划的应用

关键词：

基因组重排;双截并接（DCJ）;林克尼汉启发式

软件：

气体
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Z.Yin}等人，J.Comb。最佳方案。32，第4号，1165--1181（2016；Zbl 1356.90131）
全文： DOI程序 arXiv公司

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