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Trȩdak、Przemysław;威托尔德·鲁德尼基。;Jacek A.Majewski。

在GPU上高效实现多体反应键序（REBO）势。 （英语） Zbl 1349.82031号

J.计算。物理学。 321, 556-570 (2016).
小结：第二代反应键序（REBO）经验势通常用于对广泛的烃类材料进行精确建模。它还可扩展到其他原子类型和交互。REBO势假设了复杂的多体交互模型，这在SIMD或SIMT编程模型中难以有效表示。因此，尽管GPGPU具有重要意义，但还没有针对这一潜力开发出有效的GPGPU实施。在这里，我们详细描述了使用REBO势的分子动力学算法的高效GPGPU实现。所提出的算法利用了现代GPU的SIMT架构很少使用的特性来解决多体势计算中出现的难以同步的问题。为这个问题开发的技术也可以用于实现不同问题的有效解决方案。使用一系列模型系统评估了所提算法的性能。它与LAMMPS包中提供的高度优化的CPU实现（单核和OpenMP）进行了比较。这些实验表明，与高端16核Intel Xeon处理器相比，使用NVIDIA Tesla K80单处理器的力计算时间提高了6倍。

MSC公司：

82B80型 平衡统计力学中的数值方法（MSC2010）
82B10型 量子平衡统计力学（通用）
65日元10 特定类别建筑的数值算法

关键词：

通用分组;反应键序势;分子动力学;高效线程同步

软件：

IMD公司;CUDA公司;格鲁马克斯;琥珀色;查姆;车灯;PuReMD公司;ACEMD公司;开放式多媒体;NAMD公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{P.Trȩdak}等人，《计算杂志》。物理学。321556--570（2016；Zbl 1349.82031）
全文： 内政部

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