×

多值异步网络中可达性的欠近似。 (英语) Zbl 1337.68181号

Merelli,Emanuela(编辑)等人,《第四届计算机科学与生物学相互作用国际研讨会论文集》(CS2Bio'13),意大利佛罗伦萨,2013年6月6日。阿姆斯特丹:爱思唯尔。理论计算机科学电子笔记299,33-51(2013)。
概要:进程命中是一个最近引入的用于并发系统建模的框架。其独创性在于模型组件及其相应动作的紧凑表示:每个动作都可以修改组件的状态,并且最多受一个其他组件的状态制约。这使得可以基于局部因果关系定义非常有效的静态分析来计算可达性属性。然而,在组件之间合作的情况下(例如,当两个组件仅在给定配置中与第三个组件交互时),由于模型的纯异步语义,该方法会导致操作之间的过度近似交错。
为了解决这个问题,我们提出了框架的扩展定义,包括行动的优先级。在本文中,我们重点讨论了对两类优先级的进程的限制以及组件的特定行为,这足以解决上述合作问题。我们表明,这类进程命中模型允许表示任何异步离散网络,无论是布尔网络还是多值网络。然后,我们为静态分析的欠近似开发了一种新的细化,以便为这类过程命中模型提供准确的结果。因此,我们的方法允许在异步离散网络中有效地实现接近下的可达性;这对94分量布尔网络的可达性具有特别的决定性,这是前所未有的。
关于整个系列,请参见[Zbl 1310.68018号].

MSC公司:

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法(进程代数、互模拟、转换网等)
60年第68季度 规范和验证(程序逻辑、模型检查等)
92立方厘米 系统生物学、网络
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Bause,F.,用动态优先级方法分析Petri网,(Azéma,P.;Balbo,G.,Petri网的应用和理论,1997年。Petri网的应用和理论1997,计算机科学讲义,第1248卷(1997),施普林格:施普林格-柏林-海德堡),215-234·兹比尔1510.68049
[2] 克里维兰,R。;Hennessy,M.,《过程代数中的优先级》,专刊:1988年IEEE计算机科学逻辑研讨会选集。特刊:1988年IEEE计算机科学、信息和计算逻辑研讨会精选,87,58-77(1990)·兹比尔0726.68053
[3] 克里维兰,R。;吕特根,G。;Natarajan,V.,过程代数中的优先级和抽象,信息和计算,2051426-1458(2007)·Zbl 1127.68067号
[4] 克里维兰,R。;吕特根,G。;Natarajan,V.,《过程代数中的优先级》(1999)
[5] De Jong,H.,遗传调控系统的建模和模拟:文献综述,《计算生物学杂志》,9,67-103(2002)
[6] Harel,D。;库普夫曼,O。;Vardi,M.Y.,《关于验证并发转换系统的复杂性,信息与计算》,173,143-161(2002)·Zbl 1009.68082号
[7] 约翰·M。;侯赛因,C。;Niehren,J。;Uhrmacher,A.,《具有优先级的属性pi-calculus》(Priami,C.;Breitling,R.;Gilbert,D.;Heiner,M.;Uhrmacher,A.,计算系统生物学学报XII.计算系统生物学杂志XII,计算机科学讲义,第5945卷(2010),Springer:Springer-Belin-Heidelberg),13-76·Zbl 1275.92023号
[8] Kauffman,S.A.,随机构建遗传网络中的代谢稳定性和表观发生,理论生物学杂志,22437-467(1969)
[9] LIP6/Move,libDDD环境(libDDD)
[10] Paulevé,L。;Magnin,M。;Roux,O.,《在随机(π)演算框架中细化基因调控网络的动力学》,(计算系统生物学学报第十三期(2011),施普林格),171-191·Zbl 1326.92027号
[11] Paulevé,L.等人。;Magnin,M。;Roux,O.,《使用抽象解释对生物调控网络动力学进行静态分析》,《计算机科学中的数学结构》,22,651-685(2012)·Zbl 1253.92029号
[12] Saez-Rodriguez,J。;西蒙尼,L。;Lindquist,J.A。;Hemenway,R。;美国波姆哈特。;阿恩特,B。;豪斯,U.-U。;魏斯曼特尔,R。;Gilles,E.D。;克拉姆特,S。;Schraven,B.,《一个逻辑模型提供了对t细胞受体信号的见解》,《公共科学图书馆·计算生物学》,3,e163(2007)
[13] Thomas,R.,遗传控制回路的布尔形式化,理论生物学杂志,42563-585(1973)
[14] Wagler,A。;Wegener,J.-T.,《关于Petri网的极小性和等价性》,(Popova-Zeugmann,L.,CS&P,CEUR研讨会论文集,第928卷(2012)),382-393
[15] Wagler,A。;Weismantel,R.,《生物系统建模和分析的组合学》,自然计算,10,655-681(2011)·Zbl 1217.92050号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。