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伊斯坦·米克洛斯;埃里克·坦尼尔

估计双剪切并连接场景的数量。 （英语） Zbl 1257.68074号

西奥。计算。科学。 439, 30-40 (2012).
在本论文中，作者研究了计算两个基因组（表示为路径集和循环集）之间DCJ场景数的问题。这个问题很重要：如果确定DCJ距离很容易（存在一个封闭的公式），那么知道满足这个距离的场景数量，更重要的是，能够提供最可能的场景的样本，是一个需要更深入研究的问题。
作者展示了以下结果：
1） 计算最优DCJ场景的数量时，采用了完全多项式时间随机近似方案（FPRAS）；
2） 存在近似于这个数字的MCMC均匀采样器；
3） 该MCMC在完全多项式时间内收敛于均匀分布。
特别是，后两个结果可用于从给定分布生成DCJ场景的样本，以测试基因组进化的一些假设。由于本文作者涵盖的主题，人们需要熟悉基因组重排（尤其是DCJ）、复杂性类别和概率。然而，这篇论文写得很谨慎，对见多识广的读者来说很愉快。
审核人：纪尧姆·费尔丁（南特）

引用于2文件

MSC公司：

2017年第68季度 问题的计算难度（下限、完备性、近似难度等）
92D10型 遗传学和表观遗传学
05C90年 图论的应用
60J10型 马尔可夫链（离散状态空间上的离散时间马尔可夫过程）

关键词：

比较基因组学;基因组重排;FPRAS公司;DCJ公司;MCMC公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{I.Miklós}和\textit{E.Tannier}，Theor。计算。科学。439，30--40（2012；Zbl 1257.68074）
全文： 内政部

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