刘新峰;聂青 复杂区域的紧凑积分因子方法和自适应网格细化。 (英语) Zbl 1194.65111号 J.计算。物理学。 229,第16号,5692-5706(2010). 摘要:隐式积分因子(IIF)方法是一类有效的半隐式时间格式,最近被引入刚性反应扩散方程。为了降低IIF的成本,后来发展了一种紧凑的隐式积分因子(cIIF)方法,用于在规则网格笛卡尔坐标系的二维和三维空间中高效存储和计算与扩散算子相关的指数矩阵。与IIF不同,由于cIIF中扩散项的紧凑表示,cIIF不能直接扩展到其他曲线坐标,例如极坐标和球坐标。本文通过极坐标和球坐标的例子,提出了一种将cIIF推广到其他曲线坐标的方法。极坐标和球坐标下的新cIIF方法与笛卡尔坐标下的cIIF具有相似的计算效率和稳定性。此外,我们提出了一种将cIIF与自适应网格细化(AMR)相结合的方法,以利用cIIF的优良稳定性条件。由于二阶cIIF是无条件稳定的,因此它允许AMR有较大的时间步长,这与典型的显式时间方案不同,该方案的时间步幅受到整个空间域中最小网格尺寸的严格限制。最后,我们将这些方法应用于使用AMR、曲线和笛卡尔坐标模拟由二维和三维刚性反应扩散方程系统描述的细胞信号系统。观察到新方法具有良好的性能。 引用于21文件 MSC公司: 65平方米 涉及偏微分方程的初值和初边值问题的线方法 65个M12 含偏微分方程初值和初边值问题数值方法的稳定性和收敛性 35K57型 反应扩散方程 65年20月 数值算法的复杂性和性能 65米50 涉及偏微分方程的初值和初边值问题的数值解的网格生成、精化和自适应方法 65升05 常微分方程初值问题的数值方法 关键词:半隐式方法;积分因子法;反应扩散方程;自适应网格细化;刚性系统;半离散化;数值示例;曲线坐标通过极坐标和球坐标的例子。极坐标和球坐标系下的新cIIF方法;计算效率;稳定性 软件:CMPGRD公司;序曲;LAPACK公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{X.Liu}和\textit{Q.Nie},J.Compute。物理学。229,第16号,5692--5706(2010;Zbl 1194.65111) 全文: 内政部 链接 参考文献: [1] 卡萨姆,A.-K。;Trefethen,L.N.,刚性偏微分方程的四阶时间步进,SIAM科学计算杂志,26,1214-1233(2005)·兹比尔1077.65105 [2] Beylkin,G。;Keiser,J.M。;Vozovoi,L.,求解非线性偏微分方程的一类新的时间离散格式,计算物理杂志,147362-387(1998)·Zbl 0924.65089号 [3] Hou,T.Y。;Lowengrub,J.等人。;Shelley,M.J.,用表面张力消除界面流动的刚度,计算物理杂志,114,312(1994)·兹伯利0810.76095 [4] Leo,P.H。;Lowengrub,J.S。;Nie,Q.,正交异性弹性介质中的微观结构演化,计算物理杂志,157,44-88(2000)·Zbl 0960.74076号 [5] Jou,H.J。;Leo,P.H。;Lowengrub,J.S.,非均匀弹性介质中的微观结构演化,计算物理杂志,131109(1997)·Zbl 0880.73050号 [6] 杜琪。;朱伟,指数时间差分格式的稳定性分析与应用,计算数学杂志,22200(2004)·Zbl 1052.65081号 [7] 杜琪。;朱伟,修正指数时间差分格式:分析与应用,BIT,数值数学,45,307-328(2005)·Zbl 1080.65074号 [8] 聂,Q。;张义堂。;赵,R.,刚性系统的有效半隐式格式,计算物理杂志,214521-537(2006)·Zbl 1089.65094号 [9] 聂,Q。;Wan,F.Y.M。;张义堂。;Liu,X.F.,高空间维度的积分因子方法,计算物理杂志,2275238-5255(2008)·Zbl 1142.65072号 [10] 亨肖,W.D。;Schwendeman,D.W.,重叠网格上高速反应流的自适应数值方法,计算物理杂志,191,420-447(2003)·Zbl 1134.76427号 [11] Dawson,C。;Kirby,R.,具有局部变化时间步长的守恒定律的高分辨率方案,SIAM科学计算杂志,22,6,2256-2284(2001)·兹伯利0980.35015 [12] Kirby,R.,关于双曲守恒律多时间尺度高分辨率方法的收敛性,计算数学,72,243,1239-1250(2003)·兹伯利1018.65112 [13] Tang,H。;Warnecke,G.,《变时空网格双曲守恒律和对流扩散方程的一类高分辨率格式》(2003),Univ.,Fak。弗尔·马塞马提克 [14] Constantinescu,E.M。;Sandu,A.,双曲守恒律的多速率时间步长方法,科学计算杂志,33,3,239-278(2007)·兹比尔1127.76033 [15] 伯杰,M.J。;Oliger,J.,双曲型偏微分方程的自适应网格加密,计算物理杂志,53484-512(1984)·兹伯利0536.65071 [16] Chesshire,G。;Henshaw,W.D.,解偏微分方程的复合重叠网格,计算物理杂志,90,1,1-64(1990)·Zbl 0709.65090号 [17] Steger,J.L。;Benek,J.A.,《关于复合网格方案在计算空气动力学中的应用》,应用力学和工程中的计算机方法,64,1-3301-320(1987)·Zbl 0607.76061号 [18] 亨肖,W.D。;Chesshire,G.,复合网格上的多重网格,SIAM科学与统计计算杂志,8914(1987)·Zbl 0655.65117号 [19] 小松,M。;Ferziger,J.H.,使用复合多重网格技术对复杂几何中不可压缩非定常流动的数值计算,国际流体数值方法杂志,13,8(1991)·Zbl 0741.76044号 [20] R.L.Meakin,《完整飞机倾转旋翼机模拟的移动体过置网格方法》,AIAA论文,1993年,第93-3350页。;R.L.Meakin,《完整飞机倾转旋翼机模拟的移动体过置网格方法》,AIAA论文,1993年,第93-3350页。 [21] Tu,J.Y。;Fuchs,L.,使用三维重叠网格和多重网格方法计算流量,国际工程数值方法杂志,38,2(1995),ISSN 0029-5981·Zbl 0823.76059号 [22] Peterson,N.A.,《三维重叠网格的开孔切割》,SIAM科学计算杂志,21,2,646-665(1999)·Zbl 0947.65128号 [23] 伯杰,M.J。;Colella,P.,激波流体动力学的局部自适应网格细化,计算物理杂志,82,1,64-84(1989)·Zbl 0665.76070号 [24] 托拉比,S。;怀斯,S。;Lowengrub,J.等人。;Ratz,A。;Voigt,A.,《模拟强各向异性Cahn-Hilliard方程的新方法》,材料科学与技术协会,钢铁技术,31432(2007) [25] Lee,H.G。;Lowengrub,J.等人。;Goodman,J.,《Hele-Shaw细胞中的捏合和重新连接建模》。二、。非线性状态下的分析与模拟,流体物理学,14,514(2002)·Zbl 1184.76317号 [26] Cherry,E.M。;Greenside,H.S。;Henriquez,C.S.,《模拟复杂心脏动力学的时空自适应方法》,《物理评论快报》,84,6,1343-1346(2000) [27] Cherry,E.M。;Greenside,H.S。;Henriquez,C.S.,使用自适应网格细化方法高效模拟三维各向异性心脏组织,混沌:非线性科学跨学科期刊,13,853(2003)·Zbl 1080.92513号 [28] Trangenstein,J.A。;Kim,C.,Luo-Rudy I模型的算子分裂和自适应网格细化,计算物理杂志,196,2645-679(2004)·Zbl 1056.92014号 [29] K.Brislawn,D.L.Brown,G.Chesshire,J.Saltzman,双曲守恒律方程数值解的修正重叠网格,LA-UR-95-257报告,洛斯阿拉莫斯国家实验室,1995年。;K.Brislawn,D.L.Brown,G.Chesshire,J.Saltzman,双曲守恒律系统数值解的修正重叠网格,LA-UR-95-257报告,洛斯阿拉莫斯国家实验室,1995年。 [30] E.P.Boden,E.F.Toro,计算双曲偏微分的组合Chimera-AMR技术,载于:Djilali(Ed.),加拿大CFD学会第五届年会论文集,1997年,第5.13-5.18页。;E.P.Boden,E.F.Toro,计算双曲线偏微分方程的Chimera AMR组合技术,见:Djilali(编辑),加拿大CFD协会第五届年会论文集,1997年,第5.13-5.18页。 [31] Meankin,R.L.,复合叠置结构网格,(Thompson,J.F.;Soni,B.K.;Weatherill,N.P.,网格生成手册(1999),CRC出版社),1-20,(第11章)·Zbl 0980.65500号 [32] Brown,D.L。;亨肖,W.D。;Quinlan,D.J.,《序曲:求解偏微分方程的面向对象框架》,《计算机科学讲义》,177-184(1997) [33] D.L.Brown、G.S.Chesshire、W.D.Henshaw、D.J.Quinlan,《序曲:在串行和并行环境中求解偏微分方程的面向对象软件系统》,载于《第八届科学计算并行处理SIAM会议论文集》,1997年。;D.L.Brown、G.S.Chesshire、W.D.Henshaw、D.J.Quinlan,《序曲:在串行和并行环境中求解偏微分方程的面向对象软件系统》,载于《第八届科学计算并行处理SIAM会议论文集》,1997年。 [34] 霍恩,R.A。;Johnson,C.R.,矩阵分析(1990),剑桥大学出版社·Zbl 0704.15002号 [35] Sleijpen,G.L.G。;Van der Vorst,H.A.,线性特征值问题的Jacobi-Davidson迭代法,SIAM Review,42,2,267-293(2000)·Zbl 0949.65028号 [36] 安德森,E。;Bai,Z。;Bischof,C.,《LAPACK用户指南》(1999年),工业数学学会·Zbl 0755.65028号 [37] L.Bardwell,X.F.Liu,R.D.Moore,Q.Nie,空间尺度化支架蛋白可能同时促进和抑制信号传递,预印本,2009年。;L.Bardwell,X.F.Liu,R.D.Moore,Q.Nie,《空间尺度支架蛋白可能同时促进和抑制信号传递》,预印本,2009年。 [38] Whitmarsh,A.J。;Davis,R.J.,酵母和哺乳动物中支架蛋白对MAP激酶信号模块的结构组织,生物化学科学趋势,23,481-485(1998) [39] 莫里森,D.K。;Davis,R.J.,哺乳动物中支架蛋白对MAP激酶信号模块的调节,《细胞与发育生物学年度评论》,19,91-118(2003) [40] Wong,W。;Scott,J.D.,AKAP信号复合物:空间和时间焦点,《自然评论分子细胞生物学》,5959-970(2004) [41] 帕克,S.H。;Zarinpar,A。;Lim,W.A.,使用替代支架组装机制重写MAP激酶途径,《科学》,299,1061-1064(2003) [42] 哈里斯·K。;兰森·R·E。;B.纳尔逊。;休斯·T·R。;Marton,M.J。;罗伯茨,C.J。;布恩,C。;Pryciak,P.M.,路径导向信号蛋白定制设计揭示的支架在MAP激酶路径特异性中的作用,《当代生物学》,11815-1824(2001) [43] 狄更斯,M。;罗杰斯,J.S。;卡瓦纳,J。;雷塔诺,A。;夏,Z。;Halpern,J.R。;格林伯格,M.E。;Sawyers,C.L。;Davis,R.J.,JNK信号转导途径的细胞质抑制剂,科学,277693-696(1997) [44] 科恩,L。;亨泽尔,W.J。;Baeuerle,P.A.,IKAP是IkB激酶复合物的支架蛋白,Nature,395,292-296(1998) [45] Kortum,R.L。;Lewis,R.E.,《分子支架KSR1调节细胞的增殖和致癌潜能》,《分子和细胞生物学》,24,4407-4416(2004) [46] Brigham,E.O.,《快速傅立叶变换及其应用》(1988),普伦蒂斯·霍尔,恩格尔伍德悬崖:普伦蒂斯·霍尔,恩格尔伍德悬崖NJ [47] Van Loan,C.,《快速傅里叶变换的计算框架》(1992),工业数学学会·Zbl 0757.65154号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。