Grünewald,S。;V.莫尔顿。;A.斯皮尔纳。 从加权四元组生成平面分裂网络的QNet算法的一致性。 (英语) Zbl 1182.92056号 离散应用程序。数学。 157,编号10,2325-2334(2009). 概述:系统发育网络是进化树或系统发育树的泛化,允许在单个图表中表示冲突信号或替代进化历史。最近引入了四元网或“QNet”方法,这是一种从一组加权四元树(即具有4个叶子的系统发育树)中计算一种特殊类型的系统发育网络(称为分裂网络)的方法。这可以看作是基于距离的邻域网(NNet)方法的四重模拟,用于构建外部标记的平面分裂网络。我们证明了QNet是一个一致的方法,也就是说,如果QNet被应用于一个由循环分裂权重函数产生的加权四元数集合,那么它将精确地返回这个函数。QNet的这一关键特性不仅确保了当输入与树对应时可以保证生成树,当输入与这样的网络对应时可以生成外标平面分裂网络,而且还为该方法的设计提供了主要指导原则。 引用于2文件 MSC公司: 92D15型 与进化有关的问题 05C90年 图论的应用 68周25 近似算法 05C85号 图形算法(图形理论方面) 2008年9月 生物学问题的计算方法 关键词:系统发育树;四分树;系统发育网络;分裂网络;圆形分割系统 软件:QNet公司;生物技术研究所 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.Grünewald}等人,《离散应用》。数学。157,第10号,2325--2334(2009;Zbl 1182.92056) 全文: 内政部 参考文献: [1] Ben-Dor,A。;Chor,B。;格雷尔,D。;奥斐尔(Ophir),R。;Pelleg,D.,从四重奏构建系统发育:真系超序关系的阐明,计算生物学杂志,5377-390(1998) [2] V.Berry,《Méthodes et algorithmes pour reconstruire les arbres de l’e evolution》,蒙彼利埃大学博士论文,1997年;V.Berry,《Méthodes et algorithmes pour reconstruire les arbres de l’e evolution》,蒙彼利埃大学博士论文,1997年 [3] 贝里,V。;Gascuel,O.,用强大的组合证据推断进化树,理论计算机科学,240271-298(2000)·Zbl 0945.68101号 [4] 贝里,V。;姜涛(Jiang,T.)。;科尔尼,P。;李,M。;Wareham,T.,《四方清洁:改进的算法和模拟》,(欧洲算法研讨会论文集,欧空局。欧洲算法研讨会文献集,欧航局,LNCS,第1643卷(1999),Springer),313-324·Zbl 0943.92027号 [5] 布莱恩特,D。;Moulton,V.,NeighborNet:构建系统发育网络的聚合方法,分子生物学与进化,21255-265(2004) [6] 连衣裙,A。;Erdős,P.,(X)-树和加权四元系统,组合数学年鉴,7155-169(2003)·Zbl 1020.05019号 [7] 连衣裙,A。;Huson,D.,《构造分裂图》,IEEE计算生物学和生物信息学汇刊,11009-115(2004) [8] Felsenstein,J.,推断系统发育(2003),Sinauer Associates [9] Garey,M.R。;Johnson,D.S.,《计算机与不可纠正性:NP-完备性理论指南》(1979),W.H.Freeman·Zbl 0411.68039号 [10] Gascuel,O.,BioNJ:基于简单序列数据模型的NJ算法的改进版本,《分子生物学与进化》,14685-695(1997) [11] Grünewald,S。;Forslund,K。;连衣裙,A。;Moulton,V.,QNet:基于加权四分位构建系统发育网络的聚合方法,分子生物学与进化,24532-538(2007) [12] Huber,K。;Moulton,V.,《系统发生网络》(Gascuel,O.,《进化数学》(2005),牛津大学出版社),178-200年·Zbl 1090.92032号 [13] Huson,D。;Bryant,D.,进化研究中系统发育网络的应用,分子生物学与进化,23,254-267(2006) [14] 劳森,C.L。;Hanson,R.J.,解决最小二乘问题(1974),Prentice-Hall·Zbl 0185.40701号 [15] Morrison,D.,《系统发育分析中的网络:种群生物学的新工具》,《国际寄生虫学杂志》,35,567-582(2005) [16] (Pachter,L.;Sturmfels,B.,《计算生物学代数统计》(2005),剑桥大学出版社)·Zbl 1108.62118号 [17] 波萨达·D·。;Crandall,K.,《种内基因谱系:树木嫁接到网络中》,《生态学和进化趋势》,16,37-45(2001) [18] 塞图,N。;Nei,M.,邻接法:重建系统发育树的新方法,分子生物学与进化,4406-425(1987) [19] Semple,C。;Steel,M.,《系统发育学》(2003),牛津大学出版社·兹比尔1043.92026 [20] Steel,M.,从定性特征和子树重建树的复杂性,分类杂志,9,91-116(1992)·Zbl 0766.9202号 [21] 斯特里默,K。;冯·海斯勒,A.,《四重奏的困惑:重建树拓扑的四重奏最大似然法》,分子生物学与进化,1964-969(1996) [22] Weyer-Menkhoff,J。;Devauchelle,C。;格罗斯曼,A。;Grünewald,S.,《整数线性规划作为从四元数据构建树的工具》,计算生物学和化学,29196-203(2005)·Zbl 1102.92042号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。