埃尔德斯,佩特·L·。;迈克尔·斯蒂尔(Michael A.Steel)。;拉兹洛·塞凯利。;Tandy J.沃诺。 几根原木就足以(几乎)建造所有的树。一、。 (英语) Zbl 0945.60004号 随机结构。算法 14,第2期,153-184(1999). 作者提出了一种新的基于k位点序列数据的物种系统发育树重建方法,即二进闭合法(DCM)。他们表明,为了在任何站点替换模型下以高概率重建树,对于任何重建方法,(k)的增长速度必须至少与(ln n)一样快。他们还表明,在i.i.d.模型下,有一种简单的重建方法,需要(k)至少与(n)一样快。对于DCM,他们表明,在一个简单的随机模型(Neyman 2-状态替代模型)下,假设突变率位于一个固定的区间,几乎所有树的(k)只需要增长为(ln n)的幂。对于这样的\(k)值,很有可能满足某个条件,并且证明该条件足以使DCM在顺序为\(n^{5}\ln n \)的时间内准确返回任何输入的未根标记树。这些结果表明,用实际长度的序列可以准确地重建系统发育树。审核人:卡洛斯·布劳曼(埃沃拉) 引用于1审查引用于49文件 MSC公司: 60二氧化碳 组合概率 92D15型 与进化有关的问题 05二氧化碳 树 92D20型 蛋白质序列,DNA序列 关键词:系统发育树;场地替代模型;重建方法;并元闭包法 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.L.Erdős}等人,《随机结构》。算法14,No.2,153--184(1999;Zbl 0945.60004) 全文: 内政部 参考文献: [1] 以及《关于数值分类的近似性:通过树度量拟合距离》,《第七届ACM-SIAM离散算法年会论文集》,1996年,第365-372页·Zbl 0853.65014号 [2] ?枝状图上的概率分布,?离散随机结构,IMA数学及其应用卷,第76卷,(编辑),Springer-Verlag,柏林/纽约,1995年,第1-18页·doi:10.1007/978-1-4612-0719-1-1 [3] 和《概率方法》,威利,纽约,1992年。 [4] 以及《1998年计算机科学基础程序》(Proc of the 1998 Foundations of Comp Sci)中关于进化可学习性的近乎严格的界限即将出现。 [5] 系统发育重建邻接算法的性能,Proc COCOON 1997,计算与组合学,第三届国际年会,中国上海,1997年8月,计算机科学讲义,第1276卷,Springer-Verlag,柏林/纽约,第101-110页·Zbl 0889.92020 [6] Bandelt,高级应用数学7第309页–(1986) [7] 以及用强有力的组合证据推断进化树,Proc COCOON 1997,计算与组合学,第三届国际年会,中国上海,1997年8月,计算机科学讲义,第1276卷,Springer Verlag,柏林/纽约,第111-123页。 [8] Brown,《系统生物学》43,第78页–(1994) [9] 布莱恩特,《高级应用数学》16页425–(1995) [10] ?从不同措施中恢复树木,?《考古学和历史科学中的数学》,(编辑),爱丁堡大学出版社,1971年,第387-395页。 [11] Carter,SIAM J Disc Math 3第38页–(1990) [12] Cavender,Math Biosci 40 pp 271–(1978) [13] 和从当前物种的成对分布重建进化树,《计算科学与统计:界面上的第23交响乐》,1991年,第254-257页。 [14] Colonius,英国数学统计心理学杂志34第167页–(1981)·Zbl 0472.62107号 ·doi:10.1111/j.2044-8317.1981.tb00626.x [15] Day,Inform Process Lett 30第215页–(1989) [16] Day,《系统动物学》35页224–(1986) [17] 衍生树的重建方法,硕士论文,阿姆斯特丹Vrije大学,1986年。 [18] 呃?s、 Magy Tud Akad Mat Kutat?国际K?zl 6第215页–(1961年) [19] 呃?s、 《计算机艺术智能》16第217页–(1997年) [20] 还有?从短四重奏推断大树,?1997年7月7日至11日,意大利博洛尼亚,ICALP,第24届国际自动化、语言和编程学术讨论会(EATCS银禧),计算机科学讲稿,第1256卷,柏林/纽约,施普林格出版社,1997年,第1-11页。 [21] 呃?s、 理论计算科学 [22] 呃?s、 数学建模与科学计算 [23] 和反转进化的高效算法,《计算机科学基础交响乐程序》,1996年,第230-236页·Zbl 0911.92020号 [24] Farach,Algorithmica 13第155页–(1995) [25] Farris,《系统动物学》22,第250页–(1973) [26] Felsenstein,《系统动物学》27页401–(1978) [27] Harding,Adv Appl Probab 3第44页–(1971) [28] 亨迪,系统动物学38页310–(1989) [29] Hillis,《系统生物学》44,第3页–(1995年) [30] Hillis,Nature《自然》383第130页–(1996) [31] 希利斯,《自然》第369页,第363页–(1994年) [32] 亨迪,SIAM J Appl Math 44 pp 1054–(1984) [33] Huelsenbeck,《系统生物学》44,第17页–(1995) [34] Huelsenbeck,《系统生物学》第42卷第247页–(1993年) [35] 个人沟通。 [36] Kimura,美国国家科学院院刊78,第454页–(1981) [37] ?进化的分子研究:新统计问题的来源,?统计决策理论及相关主题,(编辑),学术出版社,纽约,1971年,第1-27页。 [38] Philippe,J Mammal Evolo 2第133页–(1994年) [39] 还有?吝啬是难以克服的!,?Proc COCOON 1997,《计算与组合学》,第三届国际年会,中国上海,1997年8月,《计算机科学讲义》,第1276卷,Springer-Verlag,柏林/纽约,第124-133页。 [40] Saitou,Mol-Biol Evol4第406页–(1987) [41] Saitou,Mol-Biol Evol6,第514页–(1989) [42] Smolensky,苏联计算数学物理2第396页–(1969年) [43] 钢,J分类9第91页–(1992年) [44] 《钢铁应用数学快报》第7页第19页–(1994年) [45] 以及准确重建大型进化树所需的核苷酸位点数量,DIMACS第96-19号技术报告。 [46] 《钢铁》,《计算生物学杂志》1第153页–(1994年) [47] Strimmer,Mol-Biol Evol13,第964页–(1996)·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025664 [48] Strimmer,Mol-Biol Evol14,第210页–(1997)·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025756 [49] 以及?系统发育推断,?《分子系统学》,(编辑),第11章,第2版,西努埃尔联合公司,桑德兰,1996年,第407-514页。 [50] Takezaki,J Mol Evolo 39第210页–(1994) [51] 构建系统发育树的组合算法,加州大学伯克利分校博士论文,1991年。 [52] 个人沟通。 [53] Zaretsky,Uspekhi Math Nauk(《俄罗斯数学调查》第20卷第90页,1965年) [54] Zharkikh,《系统生物学》42,第113页–(1993) [55] 威尔逊,J Theoret Biol 190 pp 15–(1998) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。