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伊丽莎白·斯威尼;西普里安·克雷尼西亚努;Jan Gerthiss

在剂量反应研究中测试差异表达基因，并使用顺序表型。 （英语） Zbl 1343.92021号

统计应用程序。遗传学。分子生物学。 15，第3期，213-235（2016）.
摘要：当测试两个以上组之间差异表达的基因时，这些组通常由剂量反应实验中的剂量水平或序数表型（如疾病阶段）来定义。我们通过在混合模型框架中测试零方差分量，讨论了一种新方法的潜力，该方法使用水平排序，而不做任何结构假设，例如单调性。由于混合效应模型方法在剂量/水平之间借用了优势，当剂量水平/表型数量较大和/或每组受试者数量较少时，也可以应用所建议的测试。我们在模拟研究和几个公开可用的数据集上说明了新的测试，并将其与替代测试程序进行了比较。所有考虑的测试均在R中实施，并公开可用。新方法提供了一种快速而有效的方法来测试有序组之间差异表达的基因，而无需对因子水平和反应之间的真正关系进行限制性假设。

MSC公司：

92B15号机组 普通生物统计学
92D10型 遗传学和表观遗传学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

方差分析;微阵列数据;混合模型;非单调剂量反应曲线;非参数剂量反应分析

软件：

半标准杆;mboost公司;起源;订单笔;R（右）;RLR模拟;IsoGene公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.Sweeney}等人，《统计应用》。遗传学。分子生物学。15，第3号，213--235（2016；Zbl 1343.92021）
全文： 内政部

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