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马丁·海弗里奇；科什卡，米兰；简·Křetínsk；什蒂凡·马蒂切克

基于抽象的化学反应网络分段模拟。 （英语） Zbl 1505.92074号

Petre，Ion（编辑）等人，《系统生物学中的计算方法》。第20届国际会议，CMSB 2022，罗马尼亚布加勒斯特，2022年9月14-16日。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。13447, 41-60 (2022).
摘要：模拟化学反应网络通常需要计算，特别是由于刚度的原因。我们提出了一种新的仿真方案，其中长运行不是作为一个整体进行仿真，而是由较短的预计算仿真运行段组合而成。一方面，这加快了模拟过程以获得多个运行，因为我们可以重用这些段。另一方面，关于我们跑步的多样性和真实性的问题也出现了。然而，我们通过生成原始系统的适当抽象并在模拟过程中使用它来确保生成接近其真实分布的运行。有趣的是，作为一个副产品，我们还获得了一个更有效的模拟方案，产生了系统抽象的运行。这些以低成本提供了在所需粒度级别上的具体运行的非常可靠的近似值。我们的实验表明，在保持关键的动力学和定量特性的同时，模拟中的速度加快了。
关于整个系列，请参见[Zbl 1503.92008年].

引用于1文件

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

化学反应网络；种群模型；随机模拟算法；模型抽象

软件：

斯托奇Py；SeQuaiA公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.Helfrich}等人，Lect。注释计算。科学。13447，41-60（2022；Zbl 1505.92074）
全文： 内政部 arXiv公司

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