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一种基于模式识别的带约束重组的系统发育网络构建方法。 (英语) Zbl 1103.68795号

摘要:进化关系的树表示过于简化了进化过程的观点,因为它不能考虑水平基因转移、杂交、同源性和基因重组等事件。有几种算法可用于构建由水平基因转移、杂交和同源性等事件导致的系统发育网络。关于带有约束重组的系统发育网络的算法细节方面的工作很少发表。在使用二进制DNA序列构建的系统发育网络中,最小化重组数量的问题是NP-hard。本文提出了一种基于模式识别的(O(n^{2})时间方法来构建系统发育网络,其中(n)是输入数据中的节点数或序列数。该网络是以网络中没有两个循环共享一个公共节点为限制条件构建的。

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