×
杰罗姆·凯莱赫;埃瑟里奇，A.M。;A·Véber。;新罕布什尔州巴顿。

空间分布种群中系谱与遗传祖先的传播。 （英语） Zbl 1343.92353号

西奥。大众。生物。 108, 1-12 (2016).
摘要：祖先过程是现代群体遗传学的基础，空间结构多年来一直是人们关注的主题。尽管人们对此很感兴趣，但对于系谱或遗传祖先的位置分布几乎一无所知。使用空间连续模型和阶跃模型，我们表明谱系祖先的分布接近行波，为此我们开发了两种替代近似。波浪的速度和宽度对模型的局部细节很敏感。短时间后，遗传祖先的传播速度远慢于系谱祖先，最终以半径扩散，而不是以恒定速度传播。与谱系祖先的浪潮相反，遗传祖先的传播对模型的局部细节不敏感。

引用于三文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
92D10型 遗传学和表观遗传学

关键词：

溯祖模拟;祖先波;血统;Fisher-KPP波

软件：

菲比
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Kelleher}等人，Theor。大众。生物学108，1--12（2016；Zbl 1343.92353）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 巴顿，新罕布什尔州。；德波利斯，F。；Etheridge，A.M.，空间连续种群的中性进化，Theor。大众。《生物学》，61，1，31-48（2002）·Zbl 1038.92028号
[2] 巴顿，新罕布什尔州。；Etheridge，A.M.，生殖价值与遗传贡献之间的关系，遗传学，188953-973（2011）
[3] 巴顿，新罕布什尔州。；Etheridge，A.M。；Kelleher，J。；Véber，A.，《二维推断：等位基因频率与共享区块长度》，Theor。大众。生物学，87105-119（2013）·Zbl 1296.92142号
[4] 巴顿，新罕布什尔州。；Etheridge，A.M。；Véber，A.，空间连续体演化的新模型，电子。J.Probab.等人。，15, 7 (2010) ·兹比尔1203.60107
[5] 巴顿，新罕布什尔州。；Etheridge，A.M。；Véber，A.，空间连续体中的演化建模，J.Stat.Mech。，P01002（2013）·Zbl 1456.92094号
[6] 巴顿，新罕布什尔州。；Kelleher，J。；Etheridge，A.M.，《二维灭绝和再克隆的新模型：量化系统地理学》，《进化》，64，9，2701-2715（2010）
[7] 北卡罗来纳州贝雷斯提基。；Etheridge，A。；Hutzenthaler，M.，空间连续种群模型中的生存、灭绝和遍历性，马尔可夫过程。相关领域，15，3，265-288（2009）·Zbl 1177.92029号
[8] 布朗宁，B.L。；Browning，S.R.，《无关个体血统身份的高分辨率检测》，美国遗传学杂志。，86, 526-539 (2010)
[9] 布朗宁，B.L。；Browning，S.R.，《通过血统检测身份的快速、有效方法》，《美国遗传学杂志》。，88, 2, 173-182 (2011)
[10] Chang，J.T.，当代所有个体的最近共同祖先，Adv.Appl。概率。，31, 4, 1002-1026 (1999) ·Zbl 0979.92027
[11] 德里达，B。；Jung-Muller，B.，《染色体系谱树》，J.Stat.Phys。，94, 277-298 (1999) ·Zbl 1002.92548号
[12] 德里达，B。；南卡罗来纳州曼鲁比亚。；扎内特，D.H.，《系谱树的统计特性》，《物理学》。修订稿。，82, 9, 1987-1990 (1999)
[13] 德里达，B。；南卡罗来纳州曼鲁比亚。；Zanette，D.H.，《双亲个体群体的系谱》，J.Theoret。生物，203，3，303-315（2000）
[14] Donnelly，K.P.，Theor，相关个体共享按血统相同的基因组部分的概率。大众。生物学，23，34-63（1983）·Zbl 0521.92011号
[15] 唐纳利，P。；维夫，C。；海因，J。；斯莱特金，M。；W.J.埃文斯。；Kingman，J.F.C.，《讨论：当代所有个体的最近共同祖先》，Adv.Appl。概率。，312027-135（1999年）
[16] Etheridge，A.M.，《漂移、拔模和结构：进化的一些数学模型》，巴纳赫中心出版社。，80, 121-144 (2008) ·Zbl 1144.92032号
[17] 埃瑟里奇，A.M。；Véber，A.，《大环面上的空间（Lambda）-Fleming-Viot过程：重组存在下的谱系》，Ann.Appl。概率。，22, 6, 2165-2209 (2013) ·Zbl 1273.60092号
[18] Felsenstein，J.，《环面中的痛苦：距离隔离模型的一些困难》，《美国国家》，109，359-368（1975）
[19] Gillespie，D。；罗素（A.Russell）。；Lummaa，V.，《母亲年龄和生殖史对工业化前人类后代存活和终身生殖的影响》，《进化》，671964-1974（2013）
[20] 砾石，S。；Steel，M.，《双亲群体中幽灵祖先的存在和数量》，Theor。大众。生物学，101，47-53（2015）·Zbl 1314.92111号
[21] R.C.格里菲斯。；Marjoram，P.，《祖先重组图》（Donnelly，P.；Tavaré，S.，《人口遗传学和人类进化的进展》，《人口遗传和人类进化进展》，数学及其应用IMA卷，第87卷（1997年），Springer-Verlag:Springer-Verlag Berlin），257-270·Zbl 0893.92020号
[22] 盖耶，J.E。；惠勒，D。；Warren，J.A.，FiPy：Python偏微分方程，计算。科学。工程，11，3，6-15（2009）
[23] Hudson，R.R.，基因内重组中性等位基因模型的特性，Theor。大众。生物学，23，183-201（1983）·Zbl 0505.62090号
[24] Hudson，R.R.，用蛋白质序列数据测试恒速中性等位基因模型，进化，37，1，203-217（1983）
[25] 赫夫，C.D。；威瑟斯彭，D.J。；Simonson，T.S。；Xing，J。；Watkins，W.S。；Zhang，Y。；Tuohy，T.M。；内克拉森，D.W。；伯特，R.W。；Guthery，S.L。；Woodward，S.R。；Jorde，L.B.，最近共同祖先的最大似然估计（ERSA），《基因组研究》，21，768-774（2011）
[26] Jacquard，A.，《种群的遗传结构》（1974年），Springer-Verlag:Springer-Verlag纽约·兹比尔0296.92004
[27] Kelleher，J。；巴顿，新罕布什尔州。；Etheridge，A.M.，《连续空间中的联合模拟》，生物信息学，29，7，955-956（2013）
[28] Kelleher，J。；Etheridge，A.M。；Barton，N.H.，连续空间中的联合模拟：大邻域大小的算法，Theor。大众。生物学，95，13-23（2014）·Zbl 1296.92209号
[29] Kingman，J.，《合并随机过程》。申请。，13, 3, 235-248 (1982) ·Zbl 0491.60076号
[30] Matsen，F.A。；Evans，S.N.，家谱祖先在多大程度上意味着遗传祖先？，西奥。大众。生物学，74，2，182-190（2008）·Zbl 1210.92022号
[31] Ralph，P。；Coop，G.，《欧洲近代遗传祖先地理》，《公共科学图书馆·生物学》。，11、5、e1001555（2013）
[32] 罗德·D·L·T。；奥尔森，S。；Chang，J.T.，《模拟所有活着的人类最近的共同祖先》，《自然》，431，562-566（2004）
[33] Wakeley，J。；金·L。；低，B.S。；Ramachandran，S.，《固定谱系内的基因系谱和Kingman合并的稳健性》，遗传学，190，4，1433-1445（2012）
[34] 维夫，C。；Hein，J.，关于DNA序列的祖先数量，遗传学，1471459-1468（1997）
[35] Wright，S.，《远距离隔离》，《遗传学》，第28、2、114-138页（1943年）
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。