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查尔斯·R·多斯。;马克·苏查德（Marc A.Suchard）。;伊恩·霍尔姆斯;Midori Kato-Maeda;弗拉基米尔·米宁。

将出生-死亡过程与细菌DNA指纹应用程序的面板数据相匹配。 （英语） 兹比尔1283.92027

附录申请。斯达。 7，第4期，2315-2335（2013）。
摘要：生态学和流行病学中经常使用连续时间线性出生-死亡迁移（BDI）过程来建模感兴趣人群的随机动力学。在临床环境中，多个出生-死亡过程可以描述单个患者的疾病轨迹，从而可以估计单个协变量对该过程的出生率和死亡率的影响。这种估计通常通过分析在不均匀间隔时间点收集的患者数据来完成，在生物统计学文献中称为面板数据。将线性BDI过程拟合到面板数据是一个非常重要的优化问题，因为出生率和死亡率可以是与相关协变量相关的许多参数的函数。
我们提出了一种新的期望最大化（EM）算法，用于将带有协变量的线性BDI模型拟合到面板数据。我们推导了一些BDI过程统计的联合生成函数的闭合形式表达式，并使用该生成函数将EM算法的E步以及Fisher信息的计算简化为一维积分。这种分析技术产生了一种计算高效且稳健的优化算法，我们在开源R包中实现了该算法。
我们将我们的方法应用于结核病病原体结核分枝杆菌的DNA指纹图谱，以研究IS的患者时间演变6110拷贝数，一种在估计流行病集群时经常使用的遗传标记结核分枝杆菌感染。我们的分析揭示了之前未记录的IS差异6110结核分枝杆菌三个主要谱系的出生死亡率，这对使用IS的流行病学家具有重要意义6110用于结核分枝杆菌的DNA指纹分析。

引用于7文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92C60型 医学流行病学
60J85型 分支过程的应用
92-04 生物相关问题的软件、源代码等
92-08 生物学问题的计算方法
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

缺少数据;EM算法;可转置元件;IS6110标准;肺结核

软件：

R（右）;毫秒
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.R.Doss}等人，Ann.Appl。Stat.7，No.4，2315--2335（2013；Zbl 1283.92027）
全文： 内政部 arXiv公司 欧几里得

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