皮夫 swMATH ID: 46022 软件作者： 坎拉德S。；罗德里格斯-洛佩斯。；Cotobal C。；科雷亚·梅洛C。；拉尔泽·M。；Bähler J。 描述： Pyphe，用于评估高通量菌落筛选中微生物生长和细胞活力的Python工具箱。微生物适应性筛选是功能基因组学中的一项关键技术。我们提供了一个一体化的解决方案pyphe，用于自动化和改进与大型健身屏幕相关的数据分析管道，包括图像采集和量化、数据归一化和统计分析。Pyphe具有多功能性，可处理来自菌落大小的适应度数据、来自韧皮部B染色的存活率得分或菌落生长曲线，所有这些都是通过廉价的透照平板扫描仪获得的。我们应用pyphe表明，在菌落大小的后期端点测量中包含的适应度信息与时间序列中的最大生长斜率相似。我们对59350株裂变酵母的表型基因缺失菌株在70种条件下进行了个体适合度分析，揭示了菌落大小和生存能力提供了互补、独立的信息。通过定量间充素染色集落的红色获得的存活率分数准确地反映了集落内活细胞的分数。Pyphe是一款用户友好的开源软件，并有完整的文档记录，通过各种健身分析场景的应用程序进行了说明。 主页： https://elifesciences.org/articles/55160 源代码： https://github.com/Bahler-Lab/pyphe 依赖项： 蟒蛇 相关软件： 开发工具;氧2;潮韵诗;BGFit公司;针织物;奶牛场;解算;失效模式与后果;增长模型;生命周期;生物灭活;预奥运会组委会;拉姆W;生长物;nlstools公司;nls微生物;生长曲线;格洛菲;R（右）;生物生长 引用于： 0个文档