亚特兰蒂斯 swMATH ID: 42186 软件作者： 沙阿（O.S.Shah）。；Chaudhary，M.F.A。；阿旺，H.A。；Fatima，F。；阿沙德，Z。；阿米娜，B。；艾哈迈德，M。；哈米德，H。；M.Furqan。；哈立德，S。 描述： 亚特兰蒂斯-吸引器景观分析工具箱，用于细胞命运发现和重新编程。生物网络的布尔建模是一种成熟的提取细胞内动态生物分子调控的技术。具体来说，解码显著调控网络状态和相应细胞命运结果之间的联系可以帮助揭示癌症等疾病的病理基础。吸引景观分析就是这样一种方法，它将复杂的网络行为转换为网络状态的景观，其中每个状态都由其发生的倾向表示。为了对布尔网络进行吸引子景观分析，我们提出了一个吸引子场景分析工具箱（ATLANTIS），用于从生物分子网络中发现细胞命运，并根据网络扰动重新编程。亚特兰蒂斯可用于进行确定性和概率分析。通过从多个已发表的案例研究中成功重建吸引子景观，然后对网络治疗后的细胞命运进行重新编程，验证了这一点。此外，还筛选了HCT-116结直肠癌细胞系的生物分子网络，用于药物靶点的治疗评估。我们的结果表明，亚特兰蒂斯报告的治疗效果与已发表的文献一致。这些案例研究充分强调了工具箱的硅细胞内命运预测和治疗筛选潜力。最后，亚特兰蒂斯还可以帮助指导单一或组合治疗反应，以重新编程生物分子网络，恢复细胞命运。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5824948/ 源代码： https://github.com/BIRL/ATLANTIS网站 依赖项： 无 相关软件： 金西姆;BoolNet公司;漫长的时期;细胞景观.js;PyBoolNet公司;ASSA-PBN公司;生物模型分析仪;NuSMV公司;亚当;窥探;麦考利2 引用于： 2文件 全部的 前5名7位作者引用 1 尼古拉·贝内什 1 卢博什·布里姆 1 劳拉·梅尼尼 1 塞缪尔·帕斯特瓦 1 科拉多·波西耶里 1 萨夫拉内克，大卫 1 安东尼奥·托纳姆 连载1篇 1 理论生物学杂志 在3个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 代数几何（14-XX） 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 按年份列出的引文