插座 swMATH ID: 35513 软件作者： 沃尔肖，J。；D.N.伍尔夫森。 描述： SOCKET：一个识别和分析蛋白质结构中卷曲线圈基序的程序。螺旋线圈可以说是最简单的蛋白质结构基序，也可能是蛋白质相互作用最普遍的促进剂。螺旋线圈由两个或多个α螺旋组成，相互缠绕形成“超级螺旋”。大多数螺旋线圈的特征是一种规则的序列模式，称为七段重复。尽管螺旋线圈在序列水平上表现出明显的简单性和相关性，但它显示出相当程度的结构多样性：螺旋可以平行排列或反平行排列，并且可以形成各种低聚物状态。为了帮助研究螺旋线圈，我们开发了SOCKET，这是一个自动识别蛋白质结构中这些基序的计算机程序。我们使用SOCKET从RCSB蛋白质数据库中收集了一组明确的线圈结构。该算法不是搜索序列特征，而是识别螺旋线圈的特征旋钮到孔侧链包装；这被证明是直接实现的，并且能够将螺旋线圈与在球状域中观察到的绝大多数螺旋-螺旋堆积排列区分开来。SOCKET明确定义了线圈-线圈螺旋边界、齐聚状态和螺旋方向，并指定了七段式寄存器。从蛋白质数据库检索到的结构包括两股、三股和四股螺旋线圈的平行和反平行变体，一个平行五聚体的例子，以及少量扩展螺旋线圈经典描述的结构。我们预计，我们收集的结构数据库和相关序列数据将用于确定线圈组装、预测和设计的原理。为了说明这一点，我们给出了使用新数据库可能进行的结构的序列和结构分析的例子，并给出了不同基序的七肽重复序列的氨基酸图谱。 主页： https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0022283601945450 相关软件： InterPreTS公司;副润滑油2;HIPPIE公司;字符串;UniProt公司;肌肉;HIT公司 引用于： 2文件 4位作者引用 1 格雷戈里奥·阿兰尼斯·洛巴托 1 米格尔·A·安德拉德·纳瓦罗。 1 巴勃罗·迈尔 1 苏伦·塔图利安。 2篇连载文章中引用 1 计算生物学和化学 1 理论生物学杂志 在1个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文