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反褶积实验室2

swMATH ID: 30681
软件作者: Sage D.、Donati L.、Soulez F.、Fortun D.、Schmit G.、Seitz A.、Guiet R.、Vonesch C.、Unser M。
描述: 反褶积实验室2:反褶聚显微镜的开源软件。由于光的衍射极限,荧光显微镜中的图像本质上是模糊的。反褶积显微术的目的是对这种退化进行数值补偿。反褶积被广泛用于恢复三维生物样本的精细细节。不幸的是,处理反褶积工具并不简单。除此之外,终端用户必须选择适当的算法、校准和参数化,同时可能面临苛刻的计算任务。为了使反褶积更容易实现,我们开发了一个实用的反褶卷显微术平台,称为反褶卷积实验室。DeconvolutionLab是一个免费分发的实验室,它拥有3D显微镜反褶积的标准算法,并通过面向用户的界面驱动这些算法。在本文中,我们利用DeconvolutionLab2的发布来完整描述软件包及其内置的反褶积算法。我们研究了反卷积显微镜中使用的几种标准算法,特别是:正则化逆滤波器、Tikhonov正则化、Landweber、Tikhonov–Miller、Richardson–Lucy和快速迭代收缩阈值。我们使用模拟数据集和实际实验图像,在大型3D显微图像上评估这些方法。我们根据图像质量、性能、可用性和计算要求来区分算法。我们的演讲结束时,讨论了反褶积的最新趋势,灵感来自最近组织的反褶卷显微术大挑战的结果。
主页: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202316305096
源代码:  https://github.com/Biomedical-Imaging-Group/DeconvolutionLab2
依赖项: Java语言
关键词: 反卷积显微镜;开源软件;标准算法;教科书方法;参考数据集;Java语言
相关软件: github;BrightEyes-ISM公司;螺旋形的;PyFocus公司;PSF发生器;惠更斯;S伊格尔;模糊实验室;伊拉斯蒂克;Matlab公司;共定位GN;康拉德;SIM工具箱;蒂皮;懒惰代数;RTK公司;卡斯托;雷雨;GlobalBioim公司;IR工具
引用于: 3文件

连载1篇

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