PeakRanger公司 swMATH ID: 12011 软件作者： X.Feng，R.Grossman，L.Stein 描述： PeakRanger：支持云计算的ChIP-seq数据峰值调用者。背景：染色质免疫沉淀（ChIP）结合大规模并行短阅读测序（seq）被用于探测染色质动力学。尽管有许多算法可以从ChIP-seq数据集调用峰值，但大多数算法要么调整为处理点状位点（如转录因子结合位点），要么调整为广泛区域（如组蛋白修饰标记）；很少有人能做到这两者。其他算法在可配置性、在大型数据集上的性能以及区分接近空间的峰值的能力方面受到限制。结果：在本文中，我们介绍了PeakRanger，这是一个峰值调用者软件包，它在点状和宽站点上都能很好地工作，可以解析近距离峰值，具有优异的性能，并且易于定制。此外，PeakRanger可以在并行云计算环境中运行，以在超大数据集上获得极高的性能。我们提出了一系列基准测试来评估PeakRanger与其他10个峰值调用者的性能，并在实际数据集和合成数据集上演示了PeakRange的性能。我们还介绍了PeakRanger的实际使用，包括modENCODE项目中的峰值调用。结论：与其他被测峰呼叫者相比，PeakRanger在区分极近间隔峰方面提供了更高的分辨率。PeakRanger在识别绑定事件的精确位置方面具有高于平均水平的空间准确性。PeakRanger在所有评估的基准中也具有出色的敏感性和特异性。此外，PeakRanger在单处理器系统上运行时显著改进了运行时间，在允许利用云计算资源提供的MapReduce并行环境时也有显著改进。PeakRanger可以从modENCODE项目的官方网站下载：http://www.modencode.org/software/ranger/网站 主页： http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/139 相关软件： 普罗瓦林;十字弓;k均值++;经济学;T-咖啡;卡林;肌肉;CloudAligner（云对齐器）;CloudBurst（云突发）;印章;外汇;埃乌尔桑;Hadoop总线;SeqWare软件;关贸总公司;RF女士;标准作业程序3;ClustalW公司;DIALIGN公司;探针Cons 引用于： 1文件 3位作者引用 1 朱拉特·道格莱特 1 艾斯林·奥德里斯科尔 1 罗伊·D·斯莱特。 连载1篇 1 ISRN生物数学 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文