COMODE公司 swMATH ID: 36145 软件作者： Sunduz Keles；范德拉恩，Mark L。；Dudoit、Sandrine；邢彪；迈克尔·艾森。 描述： 监督检测DNA序列中的调控基序。转录因子结合位点（调控基序）的识别是当代生物学的一个主要兴趣。我们提出了一种新的基于似然的方法，COMODE，用于识别DNA序列中的结构基序。常用方法（例如MEME、Gibbs motif采样器）将结合位点建模为位置权重矩阵（PWM）描述的序列族，并识别PWM，该PWM在简单的多项式混合模型下使观测序列数据的可能性最大化。该模型假设PWM的位置对应于具有四个单元概率的独立多项式分布。我们利用蛋白质-DNA相互作用的结构特征获得的信息来监督DNA结合位点的搜索。我们将简单多项式混合模型扩展为约束多项式混合模型，方法是结合对基序PWM的信息内容剖面或特定参数的约束。使用非线性约束优化方法，通过最大似然法估计该扩展模型的参数。基于似然法的交叉验证用于选择模型参数，如模体宽度和约束类型。将COMODE的性能与现有的基于模拟数据的模体检测方法进行了比较，模拟数据中包含了来自酿酒酵母的真实模体示例。当感兴趣的基序在数据中表现为弱信号时，所提出的方法尤其有效。Lee等人（2002）的一些转录因子结合数据也使用COMODE进行了分析，并确定了生物验证的位点。 主页： https://biostats.bepress.com/cgi/viewcontent.cgi？article=1072&context=ucbbiostat 依赖项： C类 相关软件： 平铺贴图;逻辑注册;r零件;R（右）;抱怨;BioProspector公司 引用于： 3文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 监督检测DNA序列中的调控基序。 Zbl 1038.92017年Sunduz Keles公司;范德拉恩（Mark L.Van der Laan）。;Sandrine Dudoit公司;邢彪;迈克尔·艾森。 2003 全部的 前5名6位作者引用 2 Sandrine Dudoit公司 2 Sunduz Keles公司 2 范德拉恩，马克·约翰内斯 1 迈克尔·艾森。 1 安妮特·莫利纳罗（Annette M.Molinaro）。 1 邢彪 3篇连载文章中引用 1 生物计量学 1 多元分析杂志 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 在2个字段中引用 三 统计学（62-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文