生物探险家

胸肌上游基因表达的调控基因。高通量基因组测序和基因表达技术的发展对数据挖掘工具提出了需求。bioprospter是一个使用Gibbs抽样策略的C程序,它检查同一基因表达模式组中基因的上游区域,并寻找调控序列基序。bioprospter使用Markov背景来模拟非基序碱基的碱基依赖关系,大大提高了所报道基序的特异性。马尔可夫背景模型的参数要么由用户指定的序列估计,要么由全基因组序列预先计算。采用了一种新的motif评分函数,使得每个输入序列包含0到多个motif副本。此外,bioprospter还可以模拟有间隙的基序和具有回文模式的基序,这是原核生物中普遍存在的基序模式。所有这些修改大大提高了程序的性能。除了初步成功地找到了酿酒酵母RAP1、枯草芽孢杆菌RNA聚合酶和大肠杆菌CRP的结合基序外,我们还利用bioprostect从黄色葡萄球菌基因组中找到了s54基序,从DBTBS启动子集合中找到了许多枯草芽孢杆菌基序,以及酵母表达数据中的基序。


zbMATH中的参考文献(参考文献29条)

显示第1到第20个结果,共29个。
按年份排序(引用)
  1. 巴拉加蒂,梅里;格里莫,阿涅斯;Pommeret,Denys:等能量移动的平行回火(2013)
  2. 伍德沃德,道恩B。;Rosenthal,Jeffrey S.:基因组基序发现的马尔可夫链方法的收敛速度(2013)
  3. 马赫德瓦,加塞姆;萨德吉,迈赫迪;Nowzari Dalini,Abbas:使用基于比对的方法检测转录因子结合位点(2012)
  4. 王殿辉;Do,Hai Thanh:使用极限学习机器对转录因子结合位点的计算定位(2012)ioport公司
  5. 安杰洛夫,斯坦尼斯拉夫;伊纳加、顺介;基维奥亚、提姆;Mäkinen,Veli:缺失模式发现(2011)
  6. 陈、龚;周青:DNA多重比对的异质性:模体发现中的建模、推理和应用(2010)
  7. 刘、李芳;焦立成:通过模体聚类和匹配检测与已知TFBSs相对应的过表达基序(2010)
  8. 毕承鹏:利用马尔可夫链群进行DNA基序比对(2009)ioport公司
  9. 陈德铭;李刚;梁光萨;李建红:基于广义模型发现多个真实的TFBS母题(2009)ioport公司
  10. 埃里尔,伊万;O'neill,Michael C.:基于信息论的DNA结合位点识别方法的再检验(2009)ioport公司
  11. 埃尔南德斯,大卫;祝你好运,罗宾;阿佩尔,罗恩:邻域函数和爬山策略专用于广义无上限局部多重对齐(2008)
  12. 詹基,雷金的;Van Helden,Jacques:用于预测细菌顺式调节元件和揭示其进化的系统发育足迹发现的评估(2008)ioport公司
  13. 李,Sierra M。;韦克菲尔德,乔恩;Self,Steve:DNA序列模式识别的跨维贝叶斯模型(2008)
  14. 本博姆,奥利弗;凯尔斯,桑杜兹;有监督的DNA序列,2007年与马克Laj的保守序列
  15. 冯秀成;云,林;邓明华;孙凤珠;钱敏萍:一种有效的调控基序解译算法(2007)
  16. Gupta,Maytri:从基因组拼接阵列中发现长度受限序列特征的广义层次马尔可夫模型(2007)
  17. 拉尔森,埃里克;林达尔,Per;Mostad,Petter:Helicis:DNA基序发现工具,用于具有周期间隔的共定位基序对(2007)ioport公司
  18. 鲁奇卡,埃里克·C。;Hardin,C.Timothy:Rmotifgen:DNA和蛋白质序列的随机基序生成器(2007)ioport公司
  19. 安徒生,塞缪尔A。;Lagerren,Jens:Motif Yggdrasil:从树木混合模型中取样(2006)
  20. 吉洪凯;黄永鸿:计算生物学:哺乳动物基因组中基因调控信息的破译(2006)