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分子网络

swMATH ID: 27065
软件作者： Mooney BL、Corrales LR、Clark AE。
描述： 分子网络：一种集成图论和数据挖掘工具，用于探索分子模拟中的溶剂组织。这项工作讨论了使用软件包R：统计计算的语言和环境编写的处理分子模拟数据的脚本。这些被称为分子网络的脚本用于水溶质的几何和溶剂网络分析，可以扩展到其他氢键溶剂。提出并描述了查询溶质溶剂环境的新算法，其中一些算法基于图论。这包括一种新的识别溶质附近溶剂所采用几何形状的方法，以及一种描述氢键的探索性方法，这两种方法都基于谷歌搜索名录的PageRank算法。分子网络代码包括一个预处理器，该预处理器将模拟轨迹提取为物理化学数据阵列，以及一个交互式分析脚本，该脚本支持统计、趋势和相关性分析以及其他数据挖掘。这些脚本的目标是增加对丰富的结构和动力学信息的访问，这些信息可以从分子模拟中获得。
主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22278855
依赖项： R（右）
相关软件： GeneRank公司;INGRES公司;REXX公司;Matlab公司;Vertica公司;卡桑德拉;HBase（HBase）;SNOBOL公司;图形BLAS;Gunrock公司;第3页;密码数据库;大表;沃尔特DB;VisiCalc公司;动态数据库;Accumulo公司;400万;图X;蟒蛇
引用于： 3文件
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被10位作者引用

1 纳杰夫·阿姆雷
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引用于3个系列

1 信息科学
1 SIAM审查
1 麻省理工学院林肯实验室系列
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在9个字段中引用

3 计算机科学（68至XX）
2 组合数学（05-XX）
1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX）
1 概率论与随机过程（60-XX）
1 数值分析（65-XX）
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1 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX）
1 生物学和其他自然科学（92-XX）
1 信息和通信理论，电路（94-XX）

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