分子网络 swMATH ID: 27065 软件作者: Mooney BL、Corrales LR、Clark AE。 描述: 分子网络:一种集成图论和数据挖掘工具,用于探索分子模拟中的溶剂组织。这项工作讨论了使用软件包R:统计计算的语言和环境编写的处理分子模拟数据的脚本。这些被称为分子网络的脚本用于水溶质的几何和溶剂网络分析,可以扩展到其他氢键溶剂。提出并描述了查询溶质溶剂环境的新算法,其中一些算法基于图论。这包括一种新的识别溶质附近溶剂所采用几何形状的方法,以及一种描述氢键的探索性方法,这两种方法都基于谷歌搜索名录的PageRank算法。分子网络代码包括一个预处理器,该预处理器将模拟轨迹提取为物理化学数据阵列,以及一个交互式分析脚本,该脚本支持统计、趋势和相关性分析以及其他数据挖掘。这些脚本的目标是增加对丰富的结构和动力学信息的访问,这些信息可以从分子模拟中获得。 主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22278855 依赖项: R(右) 相关软件: GeneRank公司;INGRES公司;REXX公司;Matlab公司;Vertica公司;卡桑德拉;HBase(HBase);SNOBOL公司;图形BLAS;Gunrock公司;第3页;密码数据库;大表;第二卷;VisiCalc公司;动态数据库;Accumulo公司;d4米;图X;蟒蛇 引用于: 3文件 全部的 前5名10位作者引用 1 纳杰夫·阿姆雷 1 马蒂亚斯·德梅尔 1 Emmert-Streib,弗兰克 1 莫杰塔巴·古尔巴尼 1 大卫·F·格里奇。 1 海登·贾南珊 1 杰里米·凯普纳 1 查尔斯·雷瑟森(Charles E.Leiserson)。 1 阿卜杜拉·洛菲 1 阿贝·莫斯霍维茨 3篇连载文章中引用 1 信息科学 1 SIAM审查 1 麻省理工学院林肯实验室系列 全部的 前5名在9个字段中引用 三 计算机科学(68至XX) 2 组合数学(05-XX) 1 线性代数和多线性代数;矩阵理论(15-XX) 1 概率论与随机过程(60-XX) 1 数值分析(65-XX) 1 运筹学、数学规划(90-XX) 1 博弈论、经济学、金融学以及其他社会和行为科学(91-XX) 1 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 信息与通信理论、电路(94-XX) 按年份列出的引文