超精细 swMATH ID: 29605 软件作者： Swenson，M.、Suri，R.、Linder，C.、Warnow，T。 说明： SuperFine：快速准确的超级树估计。许多研究小组正在评估树木，其中包含数千到数十万种物种，最终目标是评估生命树，其中可能包含多达数百万片叶子。这些系统发育估计提出了巨大的计算挑战，目前的计算方法可能无法在这个范围的低端数据集上运行。估计大型物种树的一种方法是使用系统发育估计方法（如最大似然法）对标记集合的多重序列比对所产生的超矩阵进行估计；然而，这些最精确的系统发育估计方法对于包含数千个以上序列的数据集来说计算量极大。在基于最大似然（ML）的系统发育分析不可行的情况下，从分类群子集上的树集合中组装系统发育树的超级树方法是系统发育估计的重要工具。在本文中，我们引入了SuperFine，这是一种元方法，它利用一种新的两步过程来提高超树方法的准确性和可扩展性。我们的研究使用了模拟数据和经验数据，表明SuperFine-boosted超树方法比标准超树方法生成更准确的树，并且可以在具有数千个序列的超大数据集上快速运行。此外，具有简约性的SuperFine-boosted矩阵表示（MRP，最著名的超树方法）在实际条件下接近于超矩阵数据集上ML方法的准确性。 主页： https://academic.oup.com/sysbio/article/61/2/214/1645715 源代码： https://github.com/dtneves/SuperFine网站 相关软件： DACTAL公司;四重奏MaxCut;RAxML公司;快速RFS;ASTRAL-II标准;跨骑的;MulRF公司;接收-I-DCM3;NINJA公司;巴克;PAUP公司*;野兽;国际GTP;Bayes先生;TNT公司;快速树;生物;盖杰内斯;POY公司;MLTreeMap（MLTree地图） 引用于： 4文件 全部的 前5名6位作者引用 三 Tandy J.沃诺。 1 萨拉·克里斯滕森 1 莱恩，蒂恩-你好 1 埃林·莫洛伊。 1 内森·尤滕达尔 1 于锡林 2篇连载文章中引用 1 计算统计学 1 计算生物学 在5个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文