第41卷,第179-189页,2014年。

GeneRank问题的多项式预处理

Davod Khojasteh Salkuyeh、Vahid Edalatpour和Davod Hezari

摘要

识别与特定疾病有关的关键基因是生物医学研究中的一个非常重要的问题。GeneRank模型基于PageRank算法,并具有许多数学特性。该模型将基因表达信息与网络结构和结合基因芯片实验结果对基因进行排序例如,来自基因注释(GO)的表达信息。在本研究中,我们提出用多项式预处理共轭梯度算法求解GeneRank问题并研究其性质。通过数值实验验证了所提出的预处理方法的有效性。

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关键词

基因网络,基因本体,共轭梯度,切比雪夫多项式,预条件,M矩阵

AMS主题分类

65F10、65F50、9208、92D20

引用的ETNA文章链接

[4]第40卷(2013年),第311-320页Michele Benzi和Verena Kuhlemann:GeneRank算法的切比雪夫加速

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