物理与工程

支持多种实验方法的技术

在EMBL,许多小组将物理和工程的不同领域纳入他们的研究,如生物物理、光学、光谱学、成像、机器人和微工程。

这些学科为许多生物学应用提供了支持技术,例如细胞骨架和细胞力学、结构生物学、显微镜、单细胞/单分子分析和高通量筛选的研究。

研究物理和工程的EMBL单位

EMBL提供了参与生命科学高度跨学科项目的独特机会,例如:


细胞表面的机械生物学

科学设备

Diz-Muñoz小组使用原子力显微镜和活细胞成像来表征和修改细胞和组织的机械特性。我们还致力于开发非接触技术来测量和控制这些特性。

这将使我们能够全面了解不同力输入(例如粘附力、膜张力、收缩力、刚度)对细胞极化的具体贡献。此外,这将提供一种评估这些输入如何影响信号传导的途径,并建立一个框架来从理论上描述细胞迁移的复杂现实。

论著

中性粒细胞迁移过程中膜张力通过PLD2和mTORC2限制肌动蛋白网络组装

阿尔巴·迪兹·穆尼奥斯(Alba Diz-Muñoz)、凯文·瑟利(Kevin Thurley

PLoS生物学2016

第14卷(6)

使用力:膜张力作为多种细胞功能的组织者

阿尔巴·迪兹·穆尼奥斯(Alba Diz-Muñoz)、丹尼尔·弗莱彻(Daniel A.Fletcher)和猎户座·D·韦纳(Orion D.Weiner)

趋势细胞生物2013

第23卷(2)

通过膜-皮层附着控制体内定向细胞迁移

阿尔巴·迪兹·穆尼奥斯(Alba Diz-Muñoz)、迈克尔·克里格(Michael Krieg

PLoS生物学2010

第8卷(11)


MX和Cryo-EM机器人和工艺开发

科学设备

我们的团队在EMBL/ESRF结构生物学小组内开发X射线散射实验的仪器和方法,并为开发PETRA-III的EMBL光束线在汉堡。

我们的核心活动是为MX和SAXS光束线开发高精度衍射仪和自动化采样环境。最近的例子是基于6轴工业机器人和专利EdgeDewar(图片)的样品变换器。这个名为FlexED8的系统在无冰环境中维护的7个冰球中可容纳多达252个迷你脊柱样本支架。Flex技术正在进行调整,以装备ESRF MX波束线,并与我们与格勒诺布尔HTX实验室.

我们在高精度力学、低温学、光学、电子和软件方面的技术专长,以及同步加速器晶体学团队提供的科学投入,确保了我们仪器的成功。在以下机构的支持下,它们中的大多数已转移到工业领域并在全球范围内商业化象征EMBL的商业和技术转让部门。

论著

ESRF专用于生物大分子溶液散射的新光束线

P.Pernot*、A.Round*、P.Theveneau、T.Giraud;R.Nogueira-Fernandes、D.Nurizzo、D.Spruce、J.Surr、S.McSweeney、F.Felisaz、L.Foedinger、A.Gobbo、J.Huet、C.Villard、F.Cipriani

物理杂志:Conf.序列号。2010

*247*012009*联合第一作者

高分子晶体学样品安装自动化

Cipriani,F.、Felisaz,F.,Launer,L.、Aksoy,J.S.、Caseroto,H.、Cusack,S.、Dallery,M.、di-Chiaro,F.和Guijarro,M.,Huet,J.、Larsen,S.,Lentini,M。

晶体学报D生物晶体。2006

10月;62(第10部分):1251-9。Epub 2006年9月19日公共医学

蛋白质微晶和微衍射仪的设计:EMBL和ESRF/ID13的当前经验和计划

Perrakis,A.、Cipriani,F.、Castagna,J.C.、Claustre,L.、Burghammer,M.、Riekel,C.和Cusack,S。

Acta Crystallogr D生物晶体仪1999

10月;55(第10部分):1765-70公共医学


细胞核结构在细胞周期中的功能动力学

科学形象

工程和物理在我们工作的两个领域中至关重要。

  1. 为了系统地鉴定和表征细胞分裂基因,我们需要新的高通量方法。在我们的团队中,我们:
  1. 为了解释细胞内的蛋白质动力学,我们需要了解其流变学。为此,我们对细胞核中微环境的物理特性感兴趣,我们通过生物物理方法和计算机模拟模型对其进行了探测。

论著

时间推移显微镜对人类基因组的表型分析揭示了细胞分裂基因

Neumann,B.,Walter,T.,Heriche,J.K.,Bulkescher,J.,Erfle,H.,Conrad,C.,Rogers,P.,Poser,I.,Held,M.,Liebel,U.,Cetin,C.,Sieckmann,F.,Pau,G.,Kabbe,R.,Wünsche,A.,Satagopam,V.,Schmitz,M.H.,Chapuis,C.,Gerlich,D.W.,Schneider,R.J。

自然2010

4月1日;464(7289):721-7

分子拥挤影响异染色质中核蛋白的扩散和结合,揭示了染色质的分形结构

Bancaud,A.、Huet,S.、Daigle,N.、Mozziconacci,J.、Beaudouin,J.和Ellenberg,J。

EMBO J。2009

12月16日;28(24):3785-98

剖析扩散和相互作用对核蛋白流动性的贡献

Beaudouin,J.、Mora-Bermudez,F.、Klee,T.、Daigle,N.和Ellenberg,J。

生物物理学杂志。2006

3月15日;90(6):1878-94


结构生物学同步加速器仪器

科学装备模型

在汉堡EMBL单位进行的研究利用DESY的粒子加速器产生的极为明亮的同步辐射X射线强度进行生物学结构研究。在小角度溶液散射(SAXS)和X射线晶体学(PX)中进行了实验。

每种方法都有特定的仪器需求,我们的小组设计、建造、建造和调试适当的设备。我们的活动包括机械工程、真空技术、X射线光学、数据采集和控制电子及软件。由于需要广泛的技能和能力,我们的团队成员包括物理学家、机械、电子和软件工程师以及这些领域的熟练技术人员。

EMBL正在建造并将在世界领先的同步辐射源之一PETRA III上运行三条束线。在这种情况下,必须掌握束线仪器、样品处理、控制电子和软件领域的主要挑战和机遇。

论著

PETRA III的EMBL光束线控制概念

美国里斯托、M.迪卡斯特罗、A.帕佐斯和S.菲德勒。

PCaPAC08会议记录2008

MOZ02,22-24号

汉堡欧洲分子生物学实验室小角度X射线散射光束线X33的升级

Roessle,M.W.、Klaering,R.、Ristau,U.、Robrahn,B.、Jahn,D.、Gehrmann,T.、Konarev,P.、Round,A.、Fiedler,S.、Hermes,C.和Svergun,D。

应用晶体学杂志402007

S190-S194型

汉堡EMBL分站蛋白质晶体学的新光束线

Hermes,C.Gehrmann,T.、Jahn,D.、Ristau U.、Robrahn,B.和Siambanis,T。

AIP会议记录7052004

384-388


统计计算和数学建模

科学图表

生物学的进步是由技术驱动的。高通量测序和显微镜检查需要复杂的统计和计算操作才能发挥其潜力。为了理解(并最终操纵)生物系统,所有关于它们的可用数据都需要整合到可计算的地图和数学模型中。来自物理、数学、统计学、计算机科学和工程的思想和技术是我们研究的关键驱动力。

论著

独立滤波提高了高通量实验的检测能力

理查德·鲍根、罗伯特·绅士和沃尔夫冈·胡贝尔

美国国家科学院2010

107(21):9546-9551(11次引用)内政部

通过RNAi合成遗传互作分析绘制信号网络

托马斯·霍恩、托马斯·桑德曼、伯恩德·菲舍尔、埃林·阿克塞尔森、沃尔夫冈·胡贝尔和迈克尔·鲍特罗斯

自然方法2011

8(4)内政部

酵母减数分裂杂交和非杂交的高分辨率作图

Eugenio Mancera、Richard Bourgon、Alessandro Brozzi、Wolfgang Huber和Lars M.Steinmetz

自然2008

454(7203):479-485(76次引用)

更多出版物

同步辐射晶体学

科学设备

同步加速器晶体学团队与结构生物学组欧洲同步辐射设施(欧洲战略参考框架在大分子晶体学(MX)和生物小角度X射线散射(bioSAXS)光束线的设计、构建和操作中。

此外,我们还负责管理ESRF的CRG波束线BM14,该波束线与印度政府和ESRF合作运营。我们还参与了仪器、软件和用于样品处理和数据收集策略的新方法的开发,这是与Papp团队.

最后,该团队积极参与与欧洲其他同步加速器的一些合作项目,例如EDNA公司kappa工作组.

论著

高分子晶体学中逆kappa测角仪的平移校准

S.Brockhauser、K.I.White、A.A.McCarthy、R.B.G.Ravelli

《水晶学报》。2011

A67(印刷中)

ESRF专用于生物大分子溶液散射的新光束线

P.Pernot*、A.Round*、P.Theveneau、T.Giraud;R.Nogueira-Fernandes、D.Nurizzo、D.Spruce、J.Surr、S.McSweeney、F.Felisaz、L.Foedinger、A.Gobbo、J.Huet、C.Villard、F.Cipriani

物理杂志:Conf.序列号。2010

*247*012009*联合第一作者

ESRF高分子晶体学MAD束线ID14-4用户操作十年

A.A.McCarthy、S.Brockhauser、D.Nurizzo、P.Theveneau、T.Mairs、D.Spruce、M.Guijarro、M.Lesourd、R.B.G.Ravelli、S.McSweeney

J.同步辐射。2009

16, 803–812


深层组织显微镜的先进光学技术

科学图表

Prevedel小组开发了新的光学方法和技术,以非侵入性成像活组织中的动态细胞过程。为了推进深层组织显微镜的前沿,我们整合了来自不同物理领域的概念,如波前工程、光声学和计算成像。

同时,我们为显微镜设计创新的光学和机械硬件解决方案,使其适应特定的样品和成像条件。为了解释我们的录音,我们还开发了自定义软件,以自动从我们的数据中提取相关参数。

论著

优化和扩展用于神经科学快速功能成像的光造型显微镜

Rupprecht P、Prevedel R、Groessl F、Haubensak WE、Vaziri A。

生物识别Opt Express2015

6:353-368. doi:10.1364/BOE.6.000353欧洲PMC

使用光场显微镜对神经元活动进行同步全动物3D成像

Prevedel R、Yoon YG、Hoffmann M、Pak N、Wetzstein G、Kato S、Schrodel T、Raskar R、Zimmer M、Boyden ES、Vaziri A。

Nat方法2014

11:727-U161。doi:10.1038/NMETH.2964欧洲PMC

雕刻光对秀丽隐杆线虫神经元活动的全脑三维成像

Schrodel T、Prevedel R、Aumayr K、Zimmer M、Vaziri A。

Nat方法2013

10:1013-1020. doi:10.1038/NETH-2637欧洲PMC


超分辨显微镜

科学图表

为了研究以前由于光学显微镜分辨率有限而无法解决的生物学问题,我们正在开发新的超分辨率显微镜工具。先进显微镜的设计和实现主要基于物理和工程,如光学、机械和电气工程、图像分析和软件开发。

目前,我们正在开发以下工具:

论著

淀粉样纤维的结合激活探针超分辨成像

Ries,J.、Udayar,V.、Soragni,A.、Hornemann,S.、Nilsson,K.P.、Riek,R.、Hock,C.、Ewers,H.、Aguzzi,A.A.和Rajendran,L。

ACS化学神经科学。2013

4月22日欧洲PMC

通过纳米体实现基于GFP的超分辨率显微镜的简单、通用方法

Ries,J.、Kaplan,C.、Platonova,E.、Eghlidi,H.和Ewers,H。

Nat方法2012

六月;9(6):582-4. doi:10.1038/nmeth.1991。Epub 2012年4月29日欧洲PMC

DNA结构的结合激活定位显微镜

Schoen,I.、Ries,J.、Klotzsch,E.、Ewers,H.和Vogel,V。

纳米Lett。2011

9月14日;11(9):4008-11. Epub 2011年8月18日欧洲PMC

从显微镜到真菌学,从发育到疾病建模,EMBL的研究人员涵盖了生物科学的广泛主题。