酵母代谢组数据库（YMDB）是人工管理的酿酒酵母（也称为贝克酵母和布鲁尔酵母）中发现或产生的小分子代谢物数据库。该数据库涵盖教科书、科学期刊、代谢重建和其他电子数据库中描述的代谢物。YMDB含有在规定的实验室条件下正常酿酒酵母代谢产生的代谢物，以及酿酒酵母用于烘焙和生产葡萄酒、啤酒和烈酒时产生的代谢产物。YMDB目前含有2027个小分子，857种相关酶和138种相关转运体。每个小分子都有48个数据字段，用于描述代谢物、其化学性质以及与光谱和化学数据库的链接。每个酶/转运体都与其相关的代谢物相关联，并有30个数据字段描述基因和相应的蛋白质。