使用Jmol的应用程序
Jmol用户，请在这里添加您最喜欢的嵌入Jmol的Java应用程序。
（还有一个第页用于包含Jmol的操作系统和软件套件。）
- 生物剪辑.
- CaGe公司(镜子)-“化学和抽象图形环境”是GNU Linux和Mac OS X的图形生成器集合，它使用Jmol作为其可视化工具之一。
- ChemPad公司根据平板电脑中手动绘制的公式实时计算Jmol 3D模型中的渲染。
- CheS映射器-小分子数据集的3D查看器，用于预处理数据集。CheS-Mapper可以创建复合特征，它对数据集进行聚类并将复合物嵌入3D空间。
- 伊巴贝尔-作为化学信息处理工具包Openbabel的GUI，iBabel使用嵌入式小程序显示结构。
- J冰-Jmol网-我接口C晶体学和E类电子特性。J-ICE可以处理CASTEP、CRYSTAL09（以及06、03和98）、QUANTUM ESPRESSO、VASP、Wiennak、FHI aim、CIF、PDB和许多其他格式。观看一些视频在这里.
- 亚诺奇是一个小程序和应用程序；除了使用Jmol显示功能外，它还从三维结构计算H-H和H-C 3-键NMR耦合常数和NOE。©礼来公司（Eli Lilly and Co.）开源并主办了af SF。
- 2012年MoCalc是MOPAC、GAMESS（美国）、Firefly和ORCA的图形用户界面，使用Jmol脚本语言显示几何体、轨道、曲面、动画和振动。
- 分子工作台-分子模拟工具。
- PMOL公司-使用JMOL加载分子的处理草图，以及使用Processing可视化分子。
- PFAAT公司-蛋白质家族比对注释工具。
- 蛋白质一瞥是一个免费的小部件，用于可视化从蛋白质数据库或本地磁盘检索的大分子。它是一个用于Mac OS X的仪表板应用程序，使用JmolApplet。
- 拉曼数据搜索和存储（RDSS）这是一个免费的、用户友好的应用程序，它是一种分析工具，可以通过比较拉曼光谱和索引数据库来快速准确地识别未知矿物。
- Sage公司是一个计算平台，旨在为Matlab、Maple、Mathematica和Magma提供一个可行的免费开源替代方案。它使用Jmol进行3D交互式绘图。
- 香料-Spice是一个分布式蛋白质序列和结构注释的DAS客户端。java webstart版本可以在线运行。
- 束带-蛋白质校准程序和蛋白质结构工作台。
- 塔维纳.
- 触控分子-多点触控表上的分子可视化，允许多达4个用户用手指与分子模型交互。视频剪辑：[1] [2] [3] [4]
如何将Jmol嵌入到应用程序中
与Jmol的大多数交互都是通过向Jmol发送类似RasmolScript的命令来实现的。这由集成.java例子。也可以从Jmol中获取数据。这可以通过访问JmolViewer类来完成。将来可能会被接口取代。
从Jmol中获取数据的一个示例是向包含JmolViewer实例的Panel中添加MouseListener。例如
public void mouseMove（MouseEvent e）{int pos=查看器.findNearestAtomIndex（e.getX（），e.getY（））；if（pos==-1）{return；}String chainId=viewer.getAtomChain（pos）；String seqCode=查看器.getAtomSequenceCode（pos）；// ... 在应用程序中执行某些操作}
检索Atom的“seqCode”时插入代码的PDB文件。注意插入代码的Jmol表示法：例如。122平方米，以区别于Rasmol命令122安，这将选择链A的残留物122。
关于JmolStatusListener的注释
如果您的应用程序需要收到Jmol事件的通知，那么您必须通过实现org.Jmol.api创建一个到Jmol的接口。JmolStatusListener。在发现notifyFrameChanged（）事件处理程序必须在JmolPopup对象上包含updateComputedMenus（）之前，我犹豫了一段时间。如果没有此功能，菜单将主要包含重影项目。
贡献者
安杰尔·赫雷斯,皮耶罗卡内帕,约达134,索尔盖特姆,姆汉普顿,柯比,克里斯,尼古拉斯·维维尔,平平,Nvcleemp公司,Tzontonel公司,克里斯托弗·吉尔,安多尔什,马丁·格特林
