根据直接分析推断(IDA)
概述
这个 国际开发协会 证据代码用于指示进行了生化或细胞生物学分析,以支持对基因产品的分子功能、在生物过程中的作用或亚细胞位置的注释。
此类分析的示例包括: 酶测定 体外重建 免疫荧光 物理相互作用/结合分析
对于转染实验或其他将来自一个有机体或组织的基因放入非正常环境的系统的实验,馆长应使用作者对实验的意图和解释作为指导,以确定是否 国际开发协会 或 进口 是合适的。 当作者使用表达系统来研究基因产物的正常功能时, 国际开发协会 使用。
IDA使用示例
酶分析
体外重建
免疫荧光
物理相互作用/结合分析
对于“x绑定”注释,当绑定伙伴“无法”使用唯一的登录或标识符在With(或)From列(GAF第8列)中捕获时。 然而,请注意,不允许使用IDA对“binding”(GO:0005488)或“protein-binding”(GO:0005515)进行注释。 在这种情况下,馆长应该选择或要求更具体的儿童术语。
描述通过标记亚单位的免疫沉淀分离复合物的分析应使用IDA,而不是IPI。 因此,这种类型的分析可以为特定复合体的成分术语提供IDA注释,因为它是复合体的直接分析。
当所使用的表达系统被视为一个分析系统,以处理基因产物的基本、正常功能时,即使它通常不会在该细胞类型或位置表达,将基因转染到细胞系、过度表达或异位表达。 如果实验是为了评估基因的正常功能而进行的,并且实验系统被认为能够重现这种功能,即作者会认为他们的实验是一种直接的实验,而不是基因的各种等位基因之间的比较,那么应该使用IDA代码。
不应使用IDA证据代码的示例
如果有可能放置一个与特定结合伙伴对应的ID,并且显示该ID与被注释的基因产物直接相互作用,则应使用IPI代码注释,而不是使用IDA注释。
用于评估与正常人相比对基因功能或表达的影响的过度表达实验应使用IMP证据代码。
将基因转染到细胞系、过表达或异位表达中,将基因的各种等位基因的作用相互比较或与野生型进行比较。 对于这种类型的实验,请使用IMP进行注释。