图树
FigTree是一个系统发育树的图形查看器,也是一个生成公开数据的程序。与我的大多数程序一样,它是为我自己的需要而编写的,因此可能不像商业程序那样光鲜亮丽和功能完善。特别是,它旨在显示由BEAST生成的摘要和注释树。
编译的二进制文件(适用于Mac、Windows和Linux)包括可从FigTree GitHub存储库获得.
源代码是可从GitHub获得.
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版本历史记录
2018-11-25 -第1.4.4节
2016-10-04 -第1.4.3节
错误修复
新功能:
- 节点形状选项现在可以显示内部或外部节点或两者的形状。
- 选择分类单元标签时复制这些分类单元标签,选择分支时复制子树标签。
- 选择“反转轴”应自动反转时间刻度比例因子。以前用户需要将其设置为-1.0。
- 搜索文本时,滚动以显示突出显示的提示。
修复的错误:
- 问题102:figtree中的大型SVG文件已损坏
- 问题95:更改缩放轴的原点值不起作用
- 第94期:特征图例与树重叠。
- 问题93:命令行PDF/SVG导出选项不起作用
- 问题92:读取混合了整数和实际节点标签的文件会导致异常。
- 第90期:导出图片剪切最高提示标签的顶部
- 第79期:出口。SVG生成损坏的文件
2014-07-09 -第1.4.2节
错误修复
新功能:
- 新的-url命令行选项允许从管道中的url读取树。
修复的错误:
- 问题76:刻度轴应仅显示必要的小数位数。
- 第75期:导出PNG和JPEG生成空白图像。
- 问题64:打开节点栏会将树向右平移(我认为现在已经修复了)。
2014-06-14 -第1.4.1节
错误修复和新功能
新功能:
- 将所选子树以NEXUS格式复制到剪贴板。
- 新的图形输出选项(PDF、SVG、PNG和JPEG)。
- 控制面板现在可以滚动并调整大小。
修复的错误:
- 第23期:Find酒吧开得很慢,大树成荫。
- 问题28:过滤应适用于当前显示标签。
- 第53期:选项提示标签:“Colour By”不会以颜色显示名称。
- 问题57:中点rooting无法正常工作。
- 第59期:清晰突出显示/卡通等似乎对单个分支不起作用。
- 问题62:当所有分支都“折叠”时,顶部三角形被剪裁。
- 问题64:打开节点栏会将树向右平移。
- 问题69:导入注释导致崩溃。
2012-12-05 -1.4版
三年来的第一个新版本!
新功能:
- 添加了“节点形状”选项,可以在每个节点上绘制圆形、方形或菱形。这些可以根据属性进行着色和大小调整。
- 添加了一个“图例”选项,可以为正在使用的任何属性/颜色方案生成颜色图例。
- 基于HSB色轮的离散属性新配色方案。这取代了旧的固定颜色序列,并且更加可定制。属性值可以重新排序。
- 新的连续属性配色方案也基于HSB。旧的插值颜色方案仍然可用。
- 现在可以为特定属性选择配色方案,这些配色方案将保存并加载到FigTree文件中。
- 对控件进行了大量调整,使操作更加方便。其中包括重新引入字体大小微调器(除字体选择对话框外),以及在大于窗口时滚动整个控制面板。
- 新的缩放/扩展。缩放的最大范围现在与树中的提示数成正比。也就是说,树越大,你可以放大的越多。此外,还增加了缩放的非线性(开始较慢)。
修复的错误:
- 问题52:重要数字微调器目前没有效果。
- 问题51:首选字体最初设置为列表中的第一种字体。
- 问题50:MidPoint生根树的问题。
- 问题48:没有显示节点特征的分类标签。
- 问题45:Nexus导入程序不会忽略未识别的命令。
- 第42期:折叠的枝被夹在页面顶部。
- 问题39:重新生根并不总是有效。
2009-12-21 -第1.3.1节
修复了上一版本中引入的一些错误
新功能:
v1.3中添加的功能
- 在“外观”面板中添加了“背景”颜色选项,以便每个分支下的颜色可以由属性控制。
- 为提示、节点和分支标签添加了“颜色依据”选项,以便标签的颜色可以由属性控制。
- 恢复了“文件”菜单中的“导出到PDF”选项。这使用不同的库从图形导出创建PDF,不需要任何设置(它应该生成与屏幕图像匹配的PDF)。
- 为Mac OS X实现了一个“QuickLook”插件。这允许您只需在Finder中按空格键即可查看树(也会自动生成缩略图)。有关安装说明,请参阅文件夹中的自述文件。
修复的错误:
- 重新引入了以前版本中无意中忽略的图形导出格式。
- 节点栏面板现在显示要显示的可用属性(以前版本中引入的错误)。
v1.3中修复的Bug
- 修复了未从NEXUS文件加载“branch”属性的问题。
- 当窗口打开时,树面板现在具有焦点,允许直接复制/粘贴树文件。
- 新属性在“查找”面板中可用。
- 未创建对话框中定义的批注类型。
2009-12-14 -1.3版
新的配色功能、导出选项和新的Mac“QuickLook”插件
新功能:
- 在“外观”面板中添加了“背景”颜色选项,以便每个分支下的颜色可以由属性控制。
- 为提示、节点和分支标签添加了“颜色依据”选项,以便标签的颜色可以由属性控制。
- 恢复了“文件”菜单中的“导出到PDF”选项。这使用不同的库从图形导出创建PDF,并且不需要任何设置(它应该生成与屏幕图像匹配的PDF)。
- 为Mac OS X实现了一个“QuickLook”插件。这允许您只需在Finder中按空格键即可查看树(也会自动生成缩略图)。有关安装说明,请参阅文件夹中的自述文件。
修复的错误:
- 修复了未从NEXUS文件加载“分支”属性的问题。
- 当窗口打开时,树面板现在有焦点,允许直接复制/粘贴树文件。
- 新属性在“查找”面板中可用。
- 没有创建在对话框中定义的注释类型。
2009-08-10 -第1.2.3节
一些新功能和一些错误修复
新功能:
- 在“缩放轴”设置中添加了“反转轴”选项-这将反转缩放轴的方向。
- 在“缩放轴”设置中添加了一个选项以打开和关闭网格线。
修复的错误:
- 刻度网格线可能与轴不对齐。
- 未创建对话框中定义的批注类型。
2009-02-24 -第1.2.2节
一些错误修复
修复的错误:
- 导出的NEWICK树现在有一个终端分号。
- 控制面板中的文本框现在可以再次编辑。
- 带有“对齐提示标签”的极坐标树可能会导致树离开页面。
2009-01-09 -第1.2.1节
一些新功能和一些错误修复
新功能:
- 分类、分支和节点标签现在有一个“字体”按钮,可用于设置这些标签的字体。
- 在“外观”面板中添加了“渐变”复选框。这将尝试在树枝上产生渐变的颜色。
修复的错误:
- 修复了用整数批注重新加载树的问题。
- “首选项”在Windows和Linux上不可用(现在位于“编辑”菜单中)。
- 现在正确导出树“按显示”(即根目录或转换目录)。
2008-11-30 -1.2版
一些新功能和许多错误修复
新功能:
- 添加了一个“突出显示”按钮,为一个分支提供块着色。
- 将连续颜色渐变选项添加到“外观”面板中的“颜色依据”控件。使用setup激活(目前它禁用“Width By”选项。
- 添加了可用于编辑分类单元名称的“名称”注释。它还可以用于命名分支(这些分支是为折叠的分支显示的)。
- 添加了一个新的下拉查找面板,可通过编辑菜单中的查找或工具栏中的查找图标激活。
- 现在可以在“首选项”框中设置字体大小和一些其他选项。这些用作新窗口的默认值。
修复的错误:
- 修复了在重新根目录树时将分支注释应用于错误分支的问题。
- “颜色依据”的颜色与“设置”对话框中建议的颜色相反。
- 如果自动范围关闭,“颜色依据”设置无法按预期工作。
- 使控制面板标题栏稍微变薄。
2008-02-06 -第1.1.2节
更多图形输出格式
新功能:
- 使用FreeHEP库添加了新的图形输出格式。这包括SVG、EPS、PDF和EMF以及GIF、PNG等光栅格式。
- 如果树包含“标签”(数字,例如在分支长度),则用户有机会信息性名称。
修复的错误:
2008-01-22 -1.1.1版
小更新修复了一些错误
新功能:
- 增加了将数字节点/分支标签格式化为百分比(和罗马数字)。
- 在中为“颜色依据”和“宽度依据”控件添加了“设置”按钮“外观”调色板。这些允许自定义颜色和线条宽度。
- 添加了菜单选项的热键。
- 添加了中点生根和节点排序的直接菜单选项(带有热键)。
修复的错误:
- 过滤器(工具栏上的搜索框)不考虑选择在弹出菜单中创建。
- 搜索和筛选选项基本上不起作用。现在这些按预期工作。
- 在某些Linux变体上运行时,FigTree因异常而崩溃。
- FigTree在树之后显示节点/分支标签时崩溃手动重新根。
- 着色或注释工具时,分支/节点标签选项丢失使用了。
- 删除了与工具栏对应的菜单选项中丑陋的图标按钮。
2008-01-13 -1.1版
重大更新
新功能:
- 添加了一个折叠和一个卡通按钮-折叠生成一个单独的分类单元,代表整个折叠的分支,而卡通创建一个三角形,覆盖与分支相同的空间。
- 重设根目录树-选择节点并单击工具栏中的重设根按钮。也可以在“树”控制面板中选择“中点根”。
- 旋转节点-选择节点并单击工具栏中的旋转按钮。
- 重缩放树-使用“时间刻度”控制调色板(比例因子可以为负值,从而反转时间轴)。
- 使用网格线缩放轴-使用“缩放轴”控制调色板。
- “鱼眼”(一维)缩放-在“布局”控制面板中。按住“Control”键(Mac上的“Command/Apple”键)以更改视图中心。
- 改进的查找对话框-可以查找数值的不等式。
修复的错误:
- 负分支长度现在可以正确显示,而不是转换为单位分支。
- 许多其他错误修复和改进。
2006-11-01 -1.0版
首次发布版本。